LXL04_005033 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005033

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 153354628-153359572 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3141 bp · LXL04_005033|LXL04_005033|OH1004|cDNA

ATGAATGGAGAGAAGAGGATAATTACCTCTTGGATTGGATACATAATCCTAATTCTAGCTGTTTTCGTGGGTAATTTCCCCCACCACGTTTCGTGTCAAAACAGACCTCGAAAACCCCGATTGGCGCCGTTGATTTCAAATATTTTCCTCGGAAGATTCAACAAGACTGTCGAACAATACCAGCCAGAAATCGAAAAAGAGATAGGATTTTGCACTCAAGACGTGAAAAAGGACTTCCATGGAGCTTTTGACTTCGAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3141 bp · LXL04_005033|LXL04_005033|OH1004|CDS

ATGAATGGAGAGAAGAGGATAATTACCTCTTGGATTGGATACATAATCCTAATTCTAGCTGTTTTCGTGGGTAATTTCCCCCACCACGTTTCGTGTCAAAACAGACCTCGAAAACCCCGATTGGCGCCGTTGATTTCAAATATTTTCCTCGGAAGATTCAACAAGACTGTCGAACAATACCAGCCAGAAATCGAAAAAGAGATAGGATTTTGCACTCAAGACGTGAAAAAGGACTTCCATGGAGCTTTTGACTTCGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1046 aa · LXL04_005033|LXL04_005033|OH1004|PROTEIN

MNGEKRIITSWIGYIILILAVFVGNFPHHVSCQNRPRKPRLAPLISNIFLGRFNKTVEQYQPEIEKEIGFCTQDVKKDFHGAFDFEGREQFFQNCQDKLNDLPTRLCTVSELRVFFTSFLKNAGEKKSVSQSHFLGPNRNCNLTSWSPGCEAGWASTVNPGQKYDYNETDPNKMPFRTTDSKPCCEGFFCPQGLTCMIPCPLGAHCPVAKLNPSTGICLPYHYQLPSGQKNYSCGSADMWVPVQMGNEIFCAAGYYCPTT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005033`
TK1151 ID	TkA01G083710
OH-1004 ID	LXL04_005033
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 47.132 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005033

位置 Chr01:153354628-153359572 (+)

描述 Similar to WBC30: Putative white-brown complex homolog protein 30

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g37010`	推定白-棕复合体同源蛋白30。	暂无已核实直接文献
`At5g60740`	ABC转运蛋白G家族成员28。	暂无已核实直接文献
`At1g53390`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 24。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B9G5Y5`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 25。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005033 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0015846 polyamine transport 生物过程

GO:0015878 biotin transport 生物过程

GO:0032218 riboflavin transport 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0097744 renal urate salt excretion 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分

GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53390

ath:AT2G37010

ath:AT5G60740

dosa:Os10g0442900

mcc:574307

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.706

排名 1 · LXL04_005033 · OH-1004

细胞质0.145

排名 2 · LXL04_005033 · OH-1004

内质网0.108

排名 3 · LXL04_005033 · OH-1004

溶酶体／液泡0.093

排名 4 · LXL04_005033 · OH-1004

高尔基体0.071

排名 5 · LXL04_005033 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005.34ABC_tran485-636 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7665-768 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7772-1045 aa

PF01061.30ABC2_membrane799-963 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005033	`PF00005.34`	ABC_tran	485	636	6.7e-25	89.0
LXL04_005033	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	665	768	8.3e-178	592.1
LXL04_005033	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	772	1045	8.3e-178	592.1
LXL04_005033	`PF01061.30`	ABC2_membrane	799	963	6.1e-08	33.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJK6`	拟南芥	Putative white-brown complex homolog protein 30	54.101%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FF46`	拟南芥	ABC transporter G family member 28	53.617%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9MAG3`	拟南芥	ABC transporter G family member 24	50.411%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9G5Y5`	水稻	ABC transporter G family member 25	46.192%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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