LXL04_005008 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005008

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 152873100-152876112 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2154 bp · LXL04_005008|LXL04_005008|OH1004|cDNA

ATGCTGGCTTCTGAAGATACAACAGAGTTTCTTCAGATCCGAAGAAAAAGTGGAGGTGTTGATGATGGACTTGTTCTTGACTCTGGTGAATATTCTATCAAGATATTGACCAGGAATAAAGCACGAAATCGGTTAATTCATGGATTATCCACGGATTCTTCGTATTTATCTGGAGATTTTGAGAGTATGATTACTTTCATGGATTCGAAAGAGAAATTGAAAGAAACTGAGAGATGCTTAGATTCTCAGTTATGGCATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2154 bp · LXL04_005008|LXL04_005008|OH1004|CDS

ATGCTGGCTTCTGAAGATACAACAGAGTTTCTTCAGATCCGAAGAAAAAGTGGAGGTGTTGATGATGGACTTGTTCTTGACTCTGGTGAATATTCTATCAAGATATTGACCAGGAATAAAGCACGAAATCGGTTAATTCATGGATTATCCACGGATTCTTCGTATTTATCTGGAGATTTTGAGAGTATGATTACTTTCATGGATTCGAAAGAGAAATTGAAAGAAACTGAGAGATGCTTAGATTCTCAGTTATGGCATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

717 aa · LXL04_005008|LXL04_005008|OH1004|PROTEIN

MLASEDTTEFLQIRRKSGGVDDGLVLDSGEYSIKILTRNKARNRLIHGLSTDSSYLSGDFESMITFMDSKEKLKETERCLDSQLWHACAGSMIQMPAVNSKVFYFPQGHAEHAAGNVEFRERNSQSRVPAWIPCRVAGVKFMADVETDEVYAKIRLIPVSGSGEFNSFDDEDTSSSNGESSDGQVKPSSFAKTLTQSDANNGGGFSVPRYCAETIFPRLDYSADPPVQTILAKDVHGDTWKFRHIYRGTPRRHLLTTGWS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005008`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005008

位置 Chr01:152873100-152876112 (-)

描述 Similar to ARF18: Auxin response factor 18

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30080`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g28350`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0685700`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os10g0479900`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os02g0628600`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005008 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007389 pattern specification process 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009743 response to carbohydrate 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0031540 regulation of anthocyanin biosynthetic process 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048441 petal development 生物过程

GO:0048442 sepal development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28350

ath:AT4G30080

dosa:Os02g0628600

dosa:Os06g0685700

dosa:Os10g0479900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.971

排名 1 · LXL04_005008 · OH-1004

细胞质0.080

排名 2 · LXL04_005008 · OH-1004

细胞膜0.028

排名 3 · LXL04_005008 · OH-1004

内质网0.017

排名 4 · LXL04_005008 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_005008 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02362.27B3190-291 aa

PF25313.2BRWD_AD351-453 aa

PF06507.20ARF_AD371-454 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005008	`PF02362.27`	B3	190	291	6.1e-24	84.6
LXL04_005008	`PF25313.2`	BRWD_AD	351	453	6.3e-10	40.0
LXL04_005008	`PF06507.20`	ARF_AD	371	454	2.5e-34	117.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YR9`	拟南芥	Auxin response factor 16	55.244%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SKN5`	拟南芥	Auxin response factor 10	54.265%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q653H7`	水稻	Auxin response factor 18	55.168%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9AV47`	水稻	Auxin response factor 22	53.478%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6K223`	水稻	Auxin response factor 8	51.700%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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