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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_004937
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 150590431-150593266 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

888 bp · LXL04_004937|LXL04_004937|OH1004|cDNA

ATGTTCACGGCGATACATGGAAATTCCGGCACATCTACCGAGGAACTCCACGGCAGCATTTACTCACCACCGGATGGAGTACGAATCCGACGAGCCAAGCGGGGAATCGGCGGTGGACAGGAAATTTCCACTGGATGGAATCCGGCAGGCGGCAACTCTGTTATTCCATATGGAGGATACTCCCCATTTGAGATCGTTTTCTACCCAAGAGCAAGTATGTCGGAGTTTTGTGTAAAAGCTTCCCTCGTGAAGAATGCACT...

CDS

下载 CDS FASTA

888 bp · LXL04_004937|LXL04_004937|OH1004|CDS

ATGTTCACGGCGATACATGGAAATTCCGGCACATCTACCGAGGAACTCCACGGCAGCATTTACTCACCACCGGATGGAGTACGAATCCGACGAGCCAAGCGGGGAATCGGCGGTGGACAGGAAATTTCCACTGGATGGAATCCGGCAGGCGGCAACTCTGTTATTCCATATGGAGGATACTCCCCATTTGAGATCGTTTTCTACCCAAGAGCAAGTATGTCGGAGTTTTGTGTAAAAGCTTCCCTCGTGAAGAATGCACT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

295 aa · LXL04_004937|LXL04_004937|OH1004|PROTEIN

MFTAIHGNSGTSTEELHGSIYSPPDGVRIRRAKRGIGGGQEISTGWNPAGGNSVIPYGGYSPFEIVFYPRASMSEFCVKASLVKNALQIRWSPAMRFKMPFHTVGSSIRVDAPRVLPSCGVSLEVVGSSLARTKVVKIQVGERAAIPGCPDTGPVSNVPETLPFDLCNTLKSAALAPLLRSTPPPPIDGTSGIHRHGLLLSTAPPEAIDASTPNITYHTAGITHFLKLLCSTISELSERVSGGIKSMEDSSGFEDVFVSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_004937
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_004937
位置Chr01:150590431-150593266 (+)
描述Similar to ARF16: Auxin response factor 16
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g30080 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。 暂无已核实直接文献
At2g28350 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0519700 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。 暂无已核实直接文献
UniProt: Q01I35 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。 暂无已核实直接文献
Os06g0685700 生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004937 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0007389 pattern specification process 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009743 response to carbohydrate 生物过程
GO:0010154 fruit development 生物过程
GO:0031540 regulation of anthocyanin biosynthetic process 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:0048441 petal development 生物过程
GO:0048442 sepal development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28350
ath:AT4G30080
dosa:Os04g0519700
dosa:Os06g0685700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.331
排名 1 · LXL04_004937 · OH-1004
细胞核0.329
排名 2 · LXL04_004937 · OH-1004
线粒体0.157
排名 3 · LXL04_004937 · OH-1004
质体0.116
排名 4 · LXL04_004937 · OH-1004
细胞膜0.103
排名 5 · LXL04_004937 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q93YR9拟南芥Auxin response factor 1642.373%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SKN5拟南芥Auxin response factor 1062.222%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q7XKK6水稻Auxin response factor 1037.719%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q01I35水稻Auxin response factor 1037.719%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q653H7水稻Auxin response factor 1857.447%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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