基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_004903
当前版本: OH-1004
染色体: Chr01
坐标: 149935819-149937899
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1308 bp · LXL04_004903|LXL04_004903|OH1004|cDNA
ATGAACAATGTTAAGCAATTACACAAACAATCAGGTGCAAATTTTAGAAGAGATGAAGAAATGTCTACCCATGAAATCCCACCTTACTCACCCAAATCCCTCAAACACACATCCGCCGCCAGATCTCTTTCGAGATCCGTCAATTACATCCTCAAAGAACAACGCCTTCACTTCACCCTAGTAGGAATCCTCATCGGCTCCGTCTTCTTCATCTACAAACCATCATTATCCACCATTTCCACAATTGACACCATTACGAG...
CDS
下载 CDS FASTA1308 bp · LXL04_004903|LXL04_004903|OH1004|CDS
ATGAACAATGTTAAGCAATTACACAAACAATCAGGTGCAAATTTTAGAAGAGATGAAGAAATGTCTACCCATGAAATCCCACCTTACTCACCCAAATCCCTCAAACACACATCCGCCGCCAGATCTCTTTCGAGATCCGTCAATTACATCCTCAAAGAACAACGCCTTCACTTCACCCTAGTAGGAATCCTCATCGGCTCCGTCTTCTTCATCTACAAACCATCATTATCCACCATTTCCACAATTGACACCATTACGAG...
435 aa · LXL04_004903|LXL04_004903|OH1004|PROTEIN
MNNVKQLHKQSGANFRRDEEMSTHEIPPYSPKSLKHTSAARSLSRSVNYILKEQRLHFTLVGILIGSVFFIYKPSLSTISTIDTITRKEIPSMRVVSFSQPTTYGATGRIPVGIARKRMRVVVTGGSGFVGSHLVDKLMARGDDVIVIDNFFTGRKENVVHHFDNPRFELIRHDVVEPILLEVDQIYHLACPASPVHYKYNPVKTIKTNVMGTLNMLGLAKRIGARFLLTSTSEVYGDPLEHPQKETYWGHVNPIGVRSC...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_004903 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_004903 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr01:149935819-149937899 (-) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to UXS1: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0019305 dTDP-rhamnose biosynthetic process 生物过程 GO:0033320 UDP-D-xylose biosynthetic process 生物过程 GO:0042732 D-xylose metabolic process 生物过程 GO:0045492 xylan biosynthetic process 生物过程 GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005768 endosome 细胞组分 GO:0005773 vacuole 细胞组分 GO:0005777 peroxisome 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G28760 ath:AT2G47650 ath:AT3G46440 ath:AT3G53520 ath:AT3G62830 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
高尔基体0.422
内质网0.326
细胞质0.103
溶酶体／液泡0.088
细胞膜0.069
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF04321.24RmlD_sub_bind119-376 aaPF01370.28Epimerase121-354 aaPF02719.22Polysacc_synt_2121-232 aaPF01073.263Beta_HSD122-336 aaPF16363.12GDP_Man_Dehyd123-417 aaPF07993.19NAD_binding_4176-288 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_004903 | PF04321.24 | RmlD_sub_bind | 119 | 376 | 2.2e-10 | 40.8 |
| LXL04_004903 | PF01370.28 | Epimerase | 121 | 354 | 1.5e-47 | 162.7 |
| LXL04_004903 | PF02719.22 | Polysacc_synt_2 | 121 | 232 | 4.4e-07 | 30.1 |
| LXL04_004903 | PF01073.26 | 3Beta_HSD | 122 | 336 | 9.4e-14 | 51.8 |
| LXL04_004903 | PF16363.12 | GDP_Man_Dehyd | 123 | 417 | 2.1e-55 | 189.2 |
| LXL04_004903 | PF07993.19 | NAD_binding_4 | 176 | 288 | 1.8e-12 | 47.7 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q8VZC0 | 拟南芥 | UDP-glucuronic acid decarboxylase 1 | 77.500% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9LZI2 | 拟南芥 | UDP-glucuronic acid decarboxylase 2 | 72.048% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q8S8T4 | 拟南芥 | UDP-glucuronic acid decarboxylase 4 | 70.093% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9SN95 | 拟南芥 | UDP-glucuronic acid decarboxylase 5 | 71.154% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9ZV36 | 拟南芥 | UDP-glucuronic acid decarboxylase 6 | 71.753% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |