LXL04_004900 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004900

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 149917266-149919566 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1116 bp · LXL04_004900|LXL04_004900|OH1004|cDNA

ATGAGTAAATATGAGGGCATGAGCGAATTCTTTCACAAGGGGAAGCCCTATTTTGGTGTTTTTTTCATTCAGTTTGGGTTCGCTGGAATGGACATCCTTTCTAAAGTCGCATTAAATGAAGGAATGAGCAATTACGTATTTGTTGTATATCGCCATGTTGTCGCCACTCTTGTCATGGCTCCTTTCGCTATTCTTTTCGACAGGAAAACACGGCCAAAAATGACTCGTTCGATTTTCCTCAAGATTATGCTTCTTGCACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1116 bp · LXL04_004900|LXL04_004900|OH1004|CDS

ATGAGTAAATATGAGGGCATGAGCGAATTCTTTCACAAGGGGAAGCCCTATTTTGGTGTTTTTTTCATTCAGTTTGGGTTCGCTGGAATGGACATCCTTTCTAAAGTCGCATTAAATGAAGGAATGAGCAATTACGTATTTGTTGTATATCGCCATGTTGTCGCCACTCTTGTCATGGCTCCTTTCGCTATTCTTTTCGACAGGAAAACACGGCCAAAAATGACTCGTTCGATTTTCCTCAAGATTATGCTTCTTGCACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

371 aa · LXL04_004900|LXL04_004900|OH1004|PROTEIN

MSKYEGMSEFFHKGKPYFGVFFIQFGFAGMDILSKVALNEGMSNYVFVVYRHVVATLVMAPFAILFDRKTRPKMTRSIFLKIMLLALLEPVIDQNLYIMGLKATTATFAAAMSNVLPAITFVMACILRVEKLNIKSIYSQAKITGTVATVAGAMVMTLIKGPILELFWTRGRTYHEVATNGVDLHGSLKGAIMITVGCFSWSGFMILQSITLESYPAELSLTAWICLMGTIEGTIVALIMERGNPGVWAIKWDTSLLACV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004900`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004900

位置 Chr01:149917266-149919566 (+)

描述 Similar to At2g37460: WAT1-related protein At2g37460

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g37460`	与WAT1相关的蛋白At2g37460。	暂无已核实直接文献
`At2g39510`	WAT1 相关蛋白 At2g39510。	暂无已核实直接文献
`At2g37450`	与 WAT1 相关的蛋白质 At2g37450。	暂无已核实直接文献
`At5g07050`	与 WAT1 相关的蛋白 At5g07050。	暂无已核实直接文献
`At4g08290`	WAT1相关蛋白At4g08290。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004900 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0098712 L-glutamate import across plasma membrane 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0015186 L-glutamine transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0022857 transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37450

ath:AT2G37460

ath:AT2G39510

ath:AT4G08290

ath:AT5G07050

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.516

排名 1 · LXL04_004900 · OH-1004

溶酶体／液泡0.183

排名 2 · LXL04_004900 · OH-1004

内质网0.162

排名 3 · LXL04_004900 · OH-1004

高尔基体0.067

排名 4 · LXL04_004900 · OH-1004

细胞质0.065

排名 5 · LXL04_004900 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00892.27EamA18-155 aa

PF00892.27EamA189-328 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004900	`PF00892.27`	EamA	18	155	9.5e-25	88.2
LXL04_004900	`PF00892.27`	EamA	189	328	9.5e-25	88.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUS1`	拟南芥	WAT1-related protein At2g37460	62.983%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80638`	拟南芥	WAT1-related protein At2g39510	59.394%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4IQX1`	拟南芥	WAT1-related protein At2g37450	56.034%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FL41`	拟南芥	WAT1-related protein At5g07050	48.518%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SUF1`	拟南芥	WAT1-related protein At4g08290	47.978%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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