基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_004854
当前版本: OH-1004
染色体: Chr01
坐标: 148834938-148836832
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA956 bp · LXL04_004854|LXL04_004854|OH1004|cDNA
ATGGAGGTTCCAGAAATTGAAGAAGGTGAAAAGGGAAGTCATCTAATTTCGCCTGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGGATACAAGAAGCCTGTGAAGACTCTTGTAGCATTTGCCTCGAGGCTTTCTGTGATAGTGATCCAGGAACTGTGACGAGTTGCAAGCATGAATTCCACCTGCAATGTATACTCGAATGGTGTCAAAGAAGCTCTAATTGTCCTATGTGTTGGCAAGCCATTAGCCTTAAGGATCCATCTAGTCAAGA...
CDS
下载 CDS FASTA873 bp · LXL04_004854|LXL04_004854|OH1004|CDS
ATGGAGGTTCCAGAAATTGAAGAAGGTGAAAAGGGAAGTCATCTAATTTCGCCTGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGGATACAAGAAGCCTGTGAAGACTCTTGTAGCATTTGCCTCGAGGCTTTCTGTGATAGTGATCCAGGAACTGTGACGAGTTGCAAGCATGAATTCCACCTGCAATGTATACTCGAATGGTGTCAAAGAAGCTCTAATTGTCCTATGTGTTGGCAAGCCATTAGCCTTAAGGATCCATCTAGTCAAGA...
290 aa · LXL04_004854|LXL04_004854|OH1004|PROTEIN
MEVPEIEEGEKGSHLISPAAFVEGGIQEACEDSCSICLEAFCDSDPGTVTSCKHEFHLQCILEWCQRSSNCPMCWQAISLKDPSSQELLEGVEQERRVRFINPTRNPTIFHHPTLGDFELQHLPVGVNDSELEERIIQHLAAAAAMGRARHLGRREGSRTRSTPHGRPQFLVFSTSPNAGPVATVAGSGGPVVQLEKLEGKVGPQLLLNKDLQLFIETRAVYLPCPINSQRGHQSCKHLQTHGNLNSMLFQQDIKNRCQK...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_004854 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_004854 |
|---|---|
| 位置 | Chr01:148834938-148836832 (-) |
| 描述 | Similar to RHF2A: E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A |
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 | |
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · |
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009561 megagametogenesis 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程 GO:0010729 positive regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0051603 proteolysis involved in protein catabolic process 生物过程 GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程 GO:0055046 microgametogenesis 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 |
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G02290 ath:AT4G00335 ath:AT4G14220 ath:AT4G23450 ath:AT5G22000 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.555
细胞核0.469
线粒体0.079
细胞膜0.075
内质网0.061
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF12678.14zf-rbx128-74 aaPF13639.13zf-RING_232-74 aaPF17123.12zf-RING_1134-61 aaPF13923.13zf-C3HC4_234-74 aaPF00097.32zf-C3HC434-74 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_004854 | PF12678.14 | zf-rbx1 | 28 | 74 | 4.8e-06 | 27.4 |
| LXL04_004854 | PF13639.13 | zf-RING_2 | 32 | 74 | 2.2e-09 | 38.1 |
| LXL04_004854 | PF17123.12 | zf-RING_11 | 34 | 61 | 2e-07 | 31.3 |
| LXL04_004854 | PF13923.13 | zf-C3HC4_2 | 34 | 74 | 4.3e-06 | 27.1 |
| LXL04_004854 | PF00097.32 | zf-C3HC4 | 34 | 74 | 5.9e-06 | 26.8 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9ZT42 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A | 78.916% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q4TU14 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase RHF1A | 45.324% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q8LE94 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase At3g02290 | 46.154% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q2HIJ8 | 拟南芥 | Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHB1A | 46.154% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q93ZF6 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase AIRP1 | 45.098% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |