LXL04_004818 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004818

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 147513556-147516452 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2442 bp · LXL04_004818|LXL04_004818|OH1004|cDNA

ATGAGAGCTGGTGGTTTCACTATCCAACAAGCTCTAAGTTCAGATGCGGCGACCATCATAAAACAGGCGGTAACCCTAGCACGCCGCCGCGGCCATGCTCAGGTGACCCCTTTACATGTGGCGAACACCATGCTCTCCTCCGCCACCGGCCTCCTCAGAACCGCCTGCTTGCAATCCCAATCCCACTCTCACCCTCTCCAGTGTAAAGCTCTCGAGCTTTGCTTCAACGTCGCTCTTAATCGCCTACCCACTTCCTCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

2442 bp · LXL04_004818|LXL04_004818|OH1004|CDS

ATGAGAGCTGGTGGTTTCACTATCCAACAAGCTCTAAGTTCAGATGCGGCGACCATCATAAAACAGGCGGTAACCCTAGCACGCCGCCGCGGCCATGCTCAGGTGACCCCTTTACATGTGGCGAACACCATGCTCTCCTCCGCCACCGGCCTCCTCAGAACCGCCTGCTTGCAATCCCAATCCCACTCTCACCCTCTCCAGTGTAAAGCTCTCGAGCTTTGCTTCAACGTCGCTCTTAATCGCCTACCCACTTCCTCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

813 aa · LXL04_004818|LXL04_004818|OH1004|PROTEIN

MRAGGFTIQQALSSDAATIIKQAVTLARRRGHAQVTPLHVANTMLSSATGLLRTACLQSQSHSHPLQCKALELCFNVALNRLPTSSSSPILGPNHSSQHPSISNALVAAFKRAQAHQRRGSIENQQQPLLAVKIELEQLIISILDDPSVSRVMREAGFSSTQVKSNVEQVVTLELSSQTPPPNSTSCNNNNNSIMSKNSSIDNYGNNEDVMYVIENLVNMKRSRSLVVVGECVATIESVVAKVMEKVDKGDVPEVIRDVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004818`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004818

位置 Chr01:147513556-147516452 (+)

描述 Similar to SMXL3: Protein SMAX1-LIKE 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52490`	可能在转录共抑制复合物中发挥功能。	暂无已核实直接文献
`At4g29920`	可能作为转录共抑制复合体的组分，通过调节活性氧、气孔关闭、光合作用及 K⁺/Na⁺ 稳态参与耐盐性。	Nuclear-localized AtHSPR links abscisic acid-dependent salt tolerance and antioxidant defense in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.13080
`At5g57710`	可能是转录共抑制复合物的组分，在MAX2下游负向调控卡里金（karrikins）和独脚金内酯应答。	SUPPRESSOR OF MORE AXILLARY GROWTH2 1 controls seed germination and seedling development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.221259 SMAX1-LIKE/D53 Family Members Enable Distinct MAX2-Dependent Responses to Strigolactones and Karrikins in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00562 Functional redundancy in the control of seedling growth by the karrikin signaling pathway.2016 · DOI: 10.1007/s00425-015-2458-2
`At5g57130`	可能在转录共抑制复合物中发挥功能。	暂无已核实直接文献
`At4g30350`	转录辅阻遏物复合物的可能成分，专门作用于 karrikin 途径。	Functional redundancy in the control of seedling growth by the karrikin signaling pathway.2016 · DOI: 10.1007/s00425-015-2458-2

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004818 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0010233 phloem transport 生物过程

GO:0033500 carbohydrate homeostasis 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:0080167 response to karrikin 生物过程

GO:0090351 seedling development 生物过程

GO:1902347 response to strigolactone 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G52490

ath:AT4G29920

ath:AT4G30350

ath:AT5G57130

ath:AT5G57710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.909

排名 1 · LXL04_004818 · OH-1004

细胞质0.132

排名 2 · LXL04_004818 · OH-1004

细胞膜0.037

排名 3 · LXL04_004818 · OH-1004

内质网0.025

排名 4 · LXL04_004818 · OH-1004

质体0.022

排名 5 · LXL04_004818 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02861.26Clp_N12-118 aa

PF23569.2NBD_SMAX1206-391 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004818	`PF02861.26`	Clp_N	12	118	7.9e-10	39.8
LXL04_004818	`PF23569.2`	NBD_SMAX1	206	391	1.4e-68	231.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVD0`	拟南芥	Protein SMAX1-LIKE 3	53.222%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SZR3`	拟南芥	Protein SMAX1-LIKE 4	33.005%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FHH2`	拟南芥	Protein SUPPRESSOR OF MAX2 1	31.394%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LU73`	拟南芥	Protein SMAX1-LIKE 5	37.201%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0C5`	拟南芥	Protein SMAX1-LIKE 2	34.071%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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