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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_004682
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 143283302-143285923 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2622 bp · LXL04_004682|LXL04_004682|OH1004|cDNA

ATGAATTTACACAAGCTCAAATCTTTTAGAAAGCTTCAAACTTCTTACAACAATCAATCCCGTGCGCTACAGTCCCTTGCTTCTACAACCAATCCCGAACCCCATGGCGATTTGTTCGAACCTGGTGTCTTCCGTGATGCGGCCGACCCGTTCGACGGAATGCCCGACGGAATGCCCCAGAGAGACATCTCTGTTTCTAATTATAACCACTTGCTTTTCGAGTATGCTCGAACAAATAACAACGCTCAAGCTCTCAAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2622 bp · LXL04_004682|LXL04_004682|OH1004|CDS

ATGAATTTACACAAGCTCAAATCTTTTAGAAAGCTTCAAACTTCTTACAACAATCAATCCCGTGCGCTACAGTCCCTTGCTTCTACAACCAATCCCGAACCCCATGGCGATTTGTTCGAACCTGGTGTCTTCCGTGATGCGGCCGACCCGTTCGACGGAATGCCCGACGGAATGCCCCAGAGAGACATCTCTGTTTCTAATTATAACCACTTGCTTTTCGAGTATGCTCGAACAAATAACAACGCTCAAGCTCTCAAACA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

873 aa · LXL04_004682|LXL04_004682|OH1004|PROTEIN

MNLHKLKSFRKLQTSYNNQSRALQSLASTTNPEPHGDLFEPGVFRDAADPFDGMPDGMPQRDISVSNYNHLLFEYARTNNNAQALKHFLGIRRLGLPVNGASFSCVLKICGSLCDQIIGKQIHCDCIKYGFVQDVSVGTSLIDMYTKTEAISMAEKVFDEMPDRNVVSWTSMLTGYSLKGLHDQAIDLFLQMQTEGIKPNPFTFATVLGALANSGAVVKGTQVHTMVVKFGFELTTYVCNSLISMYSKSGMIRCARSVFD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_004682
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_004682
位置Chr01:143283302-143285923 (+)
描述Similar to PCMP-H60: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g27610 含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27610。 暂无已核实直接文献
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004682 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G27610
ath:AT4G13650
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.679
排名 1 · LXL04_004682 · OH-1004
质体0.210
排名 2 · LXL04_004682 · OH-1004
细胞核0.046
排名 3 · LXL04_004682 · OH-1004
细胞质0.034
排名 4 · LXL04_004682 · OH-1004
细胞膜0.007
排名 5 · LXL04_004682 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long146-262 aa
PF13041.13PPR_2164-213 aa
PF13812.13PPR_3165-212 aa
PF01535.27PPR167-197 aa
PF13041.13PPR_2266-313 aa
PF01535.27PPR268-298 aa
PF17177.11PPR_long285-411 aa
PF29070.1MSC6_N321-415 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_004682PF17177.11PPR_long1462623.2e-2692.7
LXL04_004682PF13041.13PPR_21642137.9e-91298.8
LXL04_004682PF13812.13PPR_31652122.1e-51172.6
LXL04_004682PF01535.27PPR1671976.4e-79255.6
LXL04_004682PF13041.13PPR_22663137.9e-91298.8
LXL04_004682PF01535.27PPR2682986.4e-79255.6
LXL04_004682PF17177.11PPR_long2854113.2e-2692.7
LXL04_004682PF29070.1MSC6_N3214154e-2073.0
LXL04_004682PF13812.13PPR_33644122.1e-51172.6
LXL04_004682PF12854.14PPR_13653961.1e-51172.9
LXL04_004682PF13041.13PPR_23674147.9e-91298.8
LXL04_004682PF01535.27PPR3703996.4e-79255.6
LXL04_004682PF29070.1MSC6_N4295134e-2073.0
LXL04_004682PF13041.13PPR_24615097.9e-91298.8
LXL04_004682PF13812.13PPR_34615082.1e-51172.6
LXL04_004682PF12854.14PPR_14624881.1e-51172.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZUW3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2761057.543%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SVP7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365035.589%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SN39拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic36.077%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O81767拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399037.647%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q7Y211拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic34.737%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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