LXL04_004592 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004592

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 141134572-141144209 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4353 bp · LXL04_004592|LXL04_004592|OH1004|cDNA

ATGGCAAACGGAACAGACGGTGAAGAATACGTGTTATTATCCTCGATTCGTCCTGGCTTGAAACGCGAATTTGCATTCGCTATGAAATCTCAGTCGGAAAATTATGGATTCTGTGGTCGGACGCGCGCCCGTAGGGCACAGATGTCGCCGGAGCCTTCACCGATCAATAAGAAATCAAAAACTGCCGATCTAGGTAATGGAAAAGAGGAGAAAAACGAGGTTTGTTCGGAGAAATTAGTGGCTGAATCAATTTCGAATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

4353 bp · LXL04_004592|LXL04_004592|OH1004|CDS

ATGGCAAACGGAACAGACGGTGAAGAATACGTGTTATTATCCTCGATTCGTCCTGGCTTGAAACGCGAATTTGCATTCGCTATGAAATCTCAGTCGGAAAATTATGGATTCTGTGGTCGGACGCGCGCCCGTAGGGCACAGATGTCGCCGGAGCCTTCACCGATCAATAAGAAATCAAAAACTGCCGATCTAGGTAATGGAAAAGAGGAGAAAAACGAGGTTTGTTCGGAGAAATTAGTGGCTGAATCAATTTCGAATAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1450 aa · LXL04_004592|LXL04_004592|OH1004|PROTEIN

MANGTDGEEYVLLSSIRPGLKREFAFAMKSQSENYGFCGRTRARRAQMSPEPSPINKKSKTADLGNGKEEKNEVCSEKLVAESISNTDEEESKSDVVDPGRAVIEPMNEVKSEPMDDSVKSTRISSDLTPAKLDDNEDEKIAEKDGNVISSIVTPSNGNNDKKLEIKMSKKIVLKRFPTKLKELLETGLLEGLPVRYVRGAKVRGNSEKGLPGVINGAGILCFCEACGGKEVVTPNQFELHAGSANKRPPEYIYLGNGNT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004592`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004592

位置 Chr01:141134572-141144209 (-)

描述 Similar to At1g12700: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12700`	推测的含五三螺旋重复蛋白 At1g12700，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g62930`	含有五百四十肽重复的蛋白 At1g62930，叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At1g63130`	含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63130。	暂无已核实直接文献
`At1g62670`	含五肽重复序列的蛋白 At1g62670，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g22470`	含五重复肽的蛋白At3g22470，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004592 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12700

ath:AT1G62930

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.813

排名 1 · LXL04_004592 · OH-1004

细胞质0.128

排名 2 · LXL04_004592 · OH-1004

质体0.067

排名 3 · LXL04_004592 · OH-1004

细胞膜0.037

排名 4 · LXL04_004592 · OH-1004

线粒体0.024

排名 5 · LXL04_004592 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16135.11TDBD213-268 aa

PF16135.11TDBD410-455 aa

PF00628.36PHD474-512 aa

PF23209.2IDM1_C697-835 aa

PF13041.13PPR_2925-967 aa

PF12854.14PPR_11022-1052 aa

PF13041.13PPR_21024-1073 aa

PF13812.13PPR_31024-1069 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004592	`PF16135.11`	TDBD	213	268	2.6e-30	104.9
LXL04_004592	`PF16135.11`	TDBD	410	455	2.6e-30	104.9
LXL04_004592	`PF00628.36`	PHD	474	512	3.3e-09	37.3
LXL04_004592	`PF23209.2`	IDM1_C	697	835	4.1e-53	180.0
LXL04_004592	`PF13041.13`	PPR_2	925	967	3.8e-138	450.2
LXL04_004592	`PF12854.14`	PPR_1	1022	1052	4.1e-117	382.3
LXL04_004592	`PF13041.13`	PPR_2	1024	1073	3.8e-138	450.2
LXL04_004592	`PF13812.13`	PPR_3	1024	1069	9.9e-56	186.4
LXL04_004592	`PF01535.27`	PPR	1027	1057	5.9e-84	271.4
LXL04_004592	`PF23276.3`	TPR_24	1045	1155	4.3e-26	92.1
LXL04_004592	`PF29070.1`	MSC6_N	1048	1191	1e-25	91.4
LXL04_004592	`PF12854.14`	PPR_1	1056	1088	4.1e-117	382.3
LXL04_004592	`PF13041.13`	PPR_2	1059	1109	3.8e-138	450.2
LXL04_004592	`PF10037.16`	MRP-S27	1061	1165	8.5e-07	29.0
LXL04_004592	`PF01535.27`	PPR	1062	1088	5.9e-84	271.4
LXL04_004592	`PF17177.11`	PPR_long	1077	1162	2.4e-28	99.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C7Q7`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial	39.168%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQ14`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930, chloroplastic	38.421%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAN0`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63130, mitochondrial	38.421%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SXD1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial	37.895%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NQ83`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22470, mitochondrial	38.179%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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