LXL04_004503 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004503

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 138599606-138603211 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2115 bp · LXL04_004503|LXL04_004503|OH1004|cDNA

ATGGAGATGAACAATCTAAGAACGGAGTCTCACGTAGCCCAGAAAAGCCGGCGACATAAGTTGAGATTTCAGCAAAACTCCGACGAACATTTATCACAAGATCCTCACTTCGAAGTTCATAGACCCAGATACGGATCCGTGTCATACGATCCGAATGTATTCCCCTCCGAAATGCTTCATTCCGTTGCTAGTAATCCACAACTGTTGATACCTCCCAACCATGCTTTTGTTTCCCACGAACAAGATTCGGGTTCTGGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2115 bp · LXL04_004503|LXL04_004503|OH1004|CDS

ATGGAGATGAACAATCTAAGAACGGAGTCTCACGTAGCCCAGAAAAGCCGGCGACATAAGTTGAGATTTCAGCAAAACTCCGACGAACATTTATCACAAGATCCTCACTTCGAAGTTCATAGACCCAGATACGGATCCGTGTCATACGATCCGAATGTATTCCCCTCCGAAATGCTTCATTCCGTTGCTAGTAATCCACAACTGTTGATACCTCCCAACCATGCTTTTGTTTCCCACGAACAAGATTCGGGTTCTGGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

704 aa · LXL04_004503|LXL04_004503|OH1004|PROTEIN

MEMNNLRTESHVAQKSRRHKLRFQQNSDEHLSQDPHFEVHRPRYGSVSYDPNVFPSEMLHSVASNPQLLIPPNHAFVSHEQDSGSGSSPATFPPSLSSKVIGDTPQNGGNWKSVVSSQNQLQVSGDWNVVSYSNVASMSIDQNQTNSNSPMVVDGGPASSKPSYGYTHDLQNIHLSDQKNYPGQVPAFSSTPYYHNTLQEVVTSATVGTHVHQGKNFLEINHQIPCWMNPSDQLGFRERTNENNCITQGLSLSLSSVPQA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004503`
TK1151 ID	TkA01G140800
OH-1004 ID	LXL04_004503
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004503

位置 Chr01:138599606-138603211 (-)

描述 Similar to BLH8: BEL1-like homeodomain protein 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g27990`	在花序发育过程中，参与花原基的特定形成和早期节间模式事件的建立。	暂无已核实直接文献
`At5g02030`	转录因子，参与保持螺旋叶序排列，从而导致器官形成的规律模式。	暂无已核实直接文献
`At4g34610`	类 BEL1 同源域蛋白 6。	暂无已核实直接文献
`At2g16400`	BEL1 样同源域蛋白 7。	暂无已核实直接文献
`At1g75410`	参与SHOOT MERISTEMLESS（STM，茎端分生组织相关蛋白）核输入的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004503 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0007389 pattern specification process 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010076 maintenance of floral meristem identity 生物过程

GO:0010077 maintenance of inflorescence meristem identity 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0010223 secondary shoot formation 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75410

ath:AT2G16400

ath:AT2G27990

ath:AT4G34610

ath:AT5G02030

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.952

排名 1 · LXL04_004503 · OH-1004

细胞质0.114

排名 2 · LXL04_004503 · OH-1004

细胞膜0.028

排名 3 · LXL04_004503 · OH-1004

内质网0.014

排名 4 · LXL04_004503 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_004503 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07526.17POX310-446 aa

PF05920.18Homeobox_KN518-557 aa

PF00046.36Homeodomain525-557 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004503	`PF07526.17`	POX	310	446	3.8e-38	131.8
LXL04_004503	`PF05920.18`	Homeobox_KN	518	557	6.4e-20	71.4
LXL04_004503	`PF00046.36`	Homeodomain	525	557	1.2e-08	35.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJJ3`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 8	43.021%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZM8`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 9	45.345%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O65685`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 6	40.635%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SIW1`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 7	40.328%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FWS9`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 3	39.322%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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