LXL04_004478 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004478

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 137509167-137514338 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2553 bp · LXL04_004478|LXL04_004478|OH1004|cDNA

ATGAGGAGAGTTTCGACAGAGTTTTTGATTGTTTCGTGTTTGGTGATGGCGGCGGCGACGGTGGCGGTTGGTGTCAATGTGACGTATGATCACCGAGCATTGGTCATCGACGGCAAACGGCGGGTGTTGGTTTCCGGTTCTATTCACTACCCTCGAAGCACCCCTGACATGTGGCCTGGGCTTATTCAGAAATCGAAAGAAGGGGGACTGGATGTAATCGAGACCTACGTTTTCTGGAATTTGCATGAACCAGTTAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2553 bp · LXL04_004478|LXL04_004478|OH1004|CDS

ATGAGGAGAGTTTCGACAGAGTTTTTGATTGTTTCGTGTTTGGTGATGGCGGCGGCGACGGTGGCGGTTGGTGTCAATGTGACGTATGATCACCGAGCATTGGTCATCGACGGCAAACGGCGGGTGTTGGTTTCCGGTTCTATTCACTACCCTCGAAGCACCCCTGACATGTGGCCTGGGCTTATTCAGAAATCGAAAGAAGGGGGACTGGATGTAATCGAGACCTACGTTTTCTGGAATTTGCATGAACCAGTTAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

850 aa · LXL04_004478|LXL04_004478|OH1004|PROTEIN

MRRVSTEFLIVSCLVMAAATVAVGVNVTYDHRALVIDGKRRVLVSGSIHYPRSTPDMWPGLIQKSKEGGLDVIETYVFWNLHEPVKNQYDFEGRKDLVKFVKLVADAGLYVHLRIGPYVCAEWNYGGFPLWLHFIPGIVLRTDNEPYKVEMKRFTAKIVGMMKDENLYASQGGPIILSQIENEYGNIDKDYGPAAQTYIKWAASMATSLDTGVPWVMCQQRDAPDPIIDTCNGFYCDGYTPNSKNKPTMWTENWTGWFLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004478`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004478

位置 Chr01:137509167-137514338 (+)

描述 Similar to BGAL8: Beta-galactosidase 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28470`	β-半乳糖苷酶8。	暂无已核实直接文献
`At4g36360`	β-半乳糖苷酶3。	暂无已核实直接文献
`At3g13750`	β-半乳糖苷酶1。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0255100`	在体外水解植物细胞壁中含半乳糖的多糖，如半乳糖基木葡聚糖、果胶半乳聚糖及半乳聚糖，从而释放半乳糖。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004478 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0019388 galactose catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0004565 beta-galactosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28470

ath:AT3G13750

ath:AT4G36360

dosa:Os03g0255100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.473

排名 1 · LXL04_004478 · OH-1004

溶酶体／液泡0.202

排名 2 · LXL04_004478 · OH-1004

细胞质0.119

排名 3 · LXL04_004478 · OH-1004

细胞膜0.110

排名 4 · LXL04_004478 · OH-1004

内质网0.100

排名 5 · LXL04_004478 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01301.26Glyco_hydro_3534-338 aa

PF02449.22Glyco_hydro_4256-202 aa

PF17834.8GHD362-416 aa

PF21467.4BetaGal_gal-bd477-537 aa

PF21467.4BetaGal_gal-bd616-715 aa

PF02140.24SUEL_Lectin772-849 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004478	`PF01301.26`	Glyco_hydro_35	34	338	4.7e-119	398.4
LXL04_004478	`PF02449.22`	Glyco_hydro_42	56	202	6.3e-07	29.8
LXL04_004478	`PF17834.8`	GHD	362	416	4.6e-26	91.0
LXL04_004478	`PF21467.4`	BetaGal_gal-bd	477	537	2.9e-30	104.9
LXL04_004478	`PF21467.4`	BetaGal_gal-bd	616	715	2.9e-30	104.9
LXL04_004478	`PF02140.24`	SUEL_Lectin	772	849	3.4e-20	72.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCV4`	拟南芥	Beta-galactosidase 8	68.490%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCV9`	拟南芥	Beta-galactosidase 3	53.756%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCW1`	拟南芥	Beta-galactosidase 1	53.241%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10NX8`	水稻	Beta-galactosidase 6	66.508%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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