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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_004428
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 135645646-135650497 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2646 bp · LXL04_004428|LXL04_004428|OH1004|cDNA

ATGGACGTTAATGGGAGAGAAGATCTAAACAGACCATTTCTGCAAGAAGCCATGGAAGTTGCAGGTATTAAAATCACCGAGTTTCCAGATCAAGAGATAGCAGTATGCCGCCTCAAAATCAAGGGAATGACGTGCACAAGTTGCTCTGAATCGATTGAAACCTCTCTTTTAATGGTGGAAGGAGTGAAAAAGGCTGTCGTGGGTTTAGCTCTTGAAGAAGCAAAGATAAACTACGATCCAAATGTCACAAATACAACTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2646 bp · LXL04_004428|LXL04_004428|OH1004|CDS

ATGGACGTTAATGGGAGAGAAGATCTAAACAGACCATTTCTGCAAGAAGCCATGGAAGTTGCAGGTATTAAAATCACCGAGTTTCCAGATCAAGAGATAGCAGTATGCCGCCTCAAAATCAAGGGAATGACGTGCACAAGTTGCTCTGAATCGATTGAAACCTCTCTTTTAATGGTGGAAGGAGTGAAAAAGGCTGTCGTGGGTTTAGCTCTTGAAGAAGCAAAGATAAACTACGATCCAAATGTCACAAATACAACTAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

881 aa · LXL04_004428|LXL04_004428|OH1004|PROTEIN

MDVNGREDLNRPFLQEAMEVAGIKITEFPDQEIAVCRLKIKGMTCTSCSESIETSLLMVEGVKKAVVGLALEEAKINYDPNVTNTTKIIEAIVDAGFEADPIGPEIDANKVHIKLEGITIISSEDMAAIKQSMELLNGVNHVETNREECKLTVSYDPNLTGPRSVISFISDRYQARLYIPERKRDTERNHEIKMYRNLFFWSCLFSIPVFVFSMVLPMIPPYGNWLSYKIHNMLTIGMVSRWILCTPVQFFIGRRFYVGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_004428
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_004428
位置Chr01:135645646-135650497 (+)
描述Similar to HMA4: Copper-transporting ATPase HMA4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g63440 涉及铜输入到电池中。
The Arabidopsis heavy metal P-type ATPase HMA5 interacts with metallochaperones and functions in copper detoxification of roots.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02601.x
At5g44790 涉及铜输入到电池中。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0196600 铜 转运蛋白，介导根液泡中的铜转运。
A heavy metal P-type ATPase OsHMA4 prevents copper accumulation in rice grain.2016 · DOI: 10.1038/ncomms12138
Os04g0556000 铜 转运蛋白在促进铜从根到芽的转运中发挥重要作用。
A member of the heavy metal P-type ATPase OsHMA5 is involved in xylem loading of copper in rice.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.226225
Os06g0665800 金属外排转运蛋白，可能在锌、铜、铅和镉等重金属的解毒中发挥作用，尤其是在芽中。
Rice P1B-type heavy-metal ATPase, OsHMA9, is a metal efflux protein.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.102236
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004428 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010273 detoxification of copper ion 生物过程
GO:0046688 response to copper ion 生物过程
GO:0055085 transmembrane transport 生物过程
GO:0071280 cellular response to copper ion 生物过程
GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0005507 copper ion binding 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能
GO:0140581 P-type monovalent copper transporter activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G63440
dosa:Os02g0196600
dosa:Os04g0556000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.317
排名 1 · LXL04_004428 · OH-1004
内质网0.255
排名 2 · LXL04_004428 · OH-1004
细胞质0.174
排名 3 · LXL04_004428 · OH-1004
高尔基体0.149
排名 4 · LXL04_004428 · OH-1004
溶酶体／液泡0.147
排名 5 · LXL04_004428 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00403.33HMA38-98 aa
PF00122.26E1-E2_ATPase358-445 aa
PF00702.33Hydrolase555-775 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_004428PF00403.33HMA38986.6e-1762.4
LXL04_004428PF00122.26E1-E2_ATPase3584459.2e-2277.5
LXL04_004428PF00702.33Hydrolase5557754.7e-31109.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SH30拟南芥Probable copper-transporting ATPase HMA557.355%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9S7J8拟南芥Copper-transporting ATPase RAN148.703%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q6H7M3水稻Copper-transporting ATPase HMA468.249%Swiss-Prot强数据库同源证据
A3AWA4水稻Copper-transporting ATPase HMA556.075%Swiss-Prot强数据库同源证据
A0A0P0X004水稻Cation-transporting ATPase HMA548.434%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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