LXL04_004332 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004332

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 132934341-132939098 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2682 bp · LXL04_004332|LXL04_004332|OH1004|cDNA

ATGGGGATATTCGAACCTTTCCGTGCAATCGGATACATTACAAGCAGCGTTTCTTTCTCTGTTCAAAGATTGGGCACAGAGACATTTGTTACAGTCAGTGTCGGCAAATCCTGGCAGATTTACAATTGCGCGAAGCTCAGTCTTGTTCTTGTTGGTCCTCAACTTACAAAAAAGATCCGGGCTCTTGCATCATATCGTGACTATACATTTGCTGCATATGGAAATGAAATTGGTGTATTCAAACGTGCTCATCAGGTGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2682 bp · LXL04_004332|LXL04_004332|OH1004|CDS

ATGGGGATATTCGAACCTTTCCGTGCAATCGGATACATTACAAGCAGCGTTTCTTTCTCTGTTCAAAGATTGGGCACAGAGACATTTGTTACAGTCAGTGTCGGCAAATCCTGGCAGATTTACAATTGCGCGAAGCTCAGTCTTGTTCTTGTTGGTCCTCAACTTACAAAAAAGATCCGGGCTCTTGCATCATATCGTGACTATACATTTGCTGCATATGGAAATGAAATTGGTGTATTCAAACGTGCTCATCAGGTGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

893 aa · LXL04_004332|LXL04_004332|OH1004|PROTEIN

MGIFEPFRAIGYITSSVSFSVQRLGTETFVTVSVGKSWQIYNCAKLSLVLVGPQLTKKIRALASYRDYTFAAYGNEIGVFKRAHQVATWTKHNAKVNLLLLFGDHILSVDVEGNIFIWAFKGADENPSPIGHILLDNEFTPSCIMHPDTYLNKVMLGGQDGSLQLWNISTKKKLYEFKGWKSSICCCVSSPALDVVAVGCSDGNIHVHNIRYDEEVVTFSQTTRGAVTALSFRTDGQPLLASGGSSGVISIWNLEKRRLQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004332`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_004332`
位置	Chr01:132934341-132939098 (+)
描述	Similar to SPCC1672.07: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 homolog (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_004332` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程 GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0030686 90S preribosome 细胞组分 GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分 GO:0032153 cell division site 细胞组分 GO:0034388 Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ana:all2124 hsa:134430 sce:YLR409C spo:2539299 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.901

排名 1 · LXL04_004332 · OH-1004

细胞质0.171

排名 2 · LXL04_004332 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 3 · LXL04_004332 · OH-1004

线粒体0.016

排名 4 · LXL04_004332 · OH-1004

高尔基体0.015

排名 5 · LXL04_004332 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st30-298 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st97-209 aa

PF24796.2WDR55134-255 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz141-298 aa

PF24814.2WD40_Prp19144-295 aa

PF25391.2WD40_Gbeta145-354 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2146-299 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd148-290 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004332	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	30	298	3e-110	368.5
LXL04_004332	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	97	209	8.4e-44	150.7
LXL04_004332	`PF24796.2`	WDR55	134	255	3.6e-26	92.6
LXL04_004332	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	141	298	1e-31	111.0
LXL04_004332	`PF24814.2`	WD40_Prp19	144	295	3.9e-37	128.6
LXL04_004332	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	145	354	2.1e-22	80.3
LXL04_004332	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	146	299	3.5e-32	112.5
LXL04_004332	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	148	290	1.2e-114	383.8
LXL04_004332	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	152	220	1.7e-37	129.9
LXL04_004332	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	152	258	3.6e-26	92.8
LXL04_004332	`PF23756.2`	Beta-prop_HPS5	154	288	8.9e-12	45.6
LXL04_004332	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	155	298	9.3e-44	150.6
LXL04_004332	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	155	214	9.8e-26	91.2
LXL04_004332	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	156	345	2.2e-37	129.3
LXL04_004332	`PF23342.2`	WDR90_beta-prop_4th	157	300	7.2e-14	52.3
LXL04_004332	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	158	260	2.5e-27	96.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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