LXL04_004225 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004225

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 130085268-130087720 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1785 bp · LXL04_004225|LXL04_004225|OH1004|cDNA

ATGGCCGCCGTTGCTTCTCCCGCAGATCTGACCAATTTCTGTGAAAACAATTGGATTTCCTTTACTTATTTTTCCACAGAAGCTGCCGATTTGTTGAAGAACATGTCATTAGATTCTCAATCCAAGACCCTGGAGACTTCAGAGCCTGCTAAGAAGCCTTCAGTTGAATCCGGCAACAATGGCAACATTCAAAACCAACCTTTTGAAAGGTCTCTCACACCAATCGTTCCAGATACCATGGATCCAACATTGGCTTACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1785 bp · LXL04_004225|LXL04_004225|OH1004|CDS

ATGGCCGCCGTTGCTTCTCCCGCAGATCTGACCAATTTCTGTGAAAACAATTGGATTTCCTTTACTTATTTTTCCACAGAAGCTGCCGATTTGTTGAAGAACATGTCATTAGATTCTCAATCCAAGACCCTGGAGACTTCAGAGCCTGCTAAGAAGCCTTCAGTTGAATCCGGCAACAATGGCAACATTCAAAACCAACCTTTTGAAAGGTCTCTCACACCAATCGTTCCAGATACCATGGATCCAACATTGGCTTACTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

594 aa · LXL04_004225|LXL04_004225|OH1004|PROTEIN

MAAVASPADLTNFCENNWISFTYFSTEAADLLKNMSLDSQSKTLETSEPAKKPSVESGNNGNIQNQPFERSLTPIVPDTMDPTLAYYHSGYPSPAYYYGGYDGGATNDWDDYSRYANPDGLDLSHGAYGDNGSLMFPGYGYTPYGPYSPAGSPVPTATHDGQSQLYGAQHYQYPTPYFQPMAQSPAVPPKGDISRSTPAVQDTKVRPPVYQNSVFNRSAPNSFQGFDGPIPWIDGPIRNNTITPPLLNTNGFSSKNQNVR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004225`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004225

位置 Chr01:130085268-130087720 (-)

描述 Similar to ECT2: YTH domain-containing protein ECT2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13460`	特异性识别并结合含N6-甲基腺苷（m6A）的RNA，并调控mRNA稳定性（可能）。	The YTH Domain Protein ECT2 Is an m6A Reader Required for Normal Trichome Branching in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00854 An m6A-YTH Module Controls Developmental Timing and Morphogenesis in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00833 The m6A Reader ECT2 Controls Trichome Morphology by Affecting mRNA Stability in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00934
`At1g55500`	特异性识别并结合含N6-甲基腺苷（m6A）的RNA，并调控mRNA稳定性（可能）。	An m6A-YTH Module Controls Developmental Timing and Morphogenesis in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00833
`At5g61020`	特异性识别并结合含N6-甲基腺苷（m6A）的RNA，并调控mRNA稳定性（可能）。	An m6A-YTH Module Controls Developmental Timing and Morphogenesis in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00833
`At3g03950`	特异性识别并结合含 N6-甲基腺苷 (m6A) 的 RNA，并调控 mRNA 稳定性（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004225 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0007276 gamete generation 生物过程

GO:0007284 spermatogonial cell division 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0030155 regulation of cell adhesion 生物过程

GO:0034063 stress granule assembly 生物过程

GO:0043488 regulation of mRNA stability 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0045746 negative regulation of Notch signaling pathway 生物过程

GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55500

ath:AT3G03950

ath:AT3G13460

ath:AT5G61020

bta:541050

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.641

排名 1 · LXL04_004225 · OH-1004

细胞核0.385

排名 2 · LXL04_004225 · OH-1004

线粒体0.050

排名 3 · LXL04_004225 · OH-1004

细胞膜0.045

排名 4 · LXL04_004225 · OH-1004

内质网0.032

排名 5 · LXL04_004225 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04146.22YTH388-526 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004225	`PF04146.22`	YTH	388	526	2.1e-49	167.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LJE5`	拟南芥	YTH domain-containing protein ECT2	46.983%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A0A1P8AS03`	拟南芥	YTH domain-containing protein ECT4	48.480%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4K1Z0`	拟南芥	YTH domain-containing protein ECT3	66.667%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q3MK94`	拟南芥	YTH domain-containing protein ECT1	53.125%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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