LXL04_004217 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004217

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 129734929-129737500 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1506 bp · LXL04_004217|LXL04_004217|OH1004|cDNA

ATGGCAATTGTGGAGCCTCCATGCAAAGGTTATGGTGCTTCGAGAATAGGTTGTGGTGTGTCTTTGATTTCTACTTTTCTCCCTCACCCATTTTCCAATCATTTTTACCTCCCGAGCTACAAAATTCCCATTTCCACTTCCTTCCACCAAACACAAACCCCTCAATTTCACCAAAGAGAAAGAGGGGAAATCTGTTTGAGAAAAGGACATCCCAAGAACAACCCCACAAATAGTTCAACAAATTCTCCACCAAAACAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1506 bp · LXL04_004217|LXL04_004217|OH1004|CDS

ATGGCAATTGTGGAGCCTCCATGCAAAGGTTATGGTGCTTCGAGAATAGGTTGTGGTGTGTCTTTGATTTCTACTTTTCTCCCTCACCCATTTTCCAATCATTTTTACCTCCCGAGCTACAAAATTCCCATTTCCACTTCCTTCCACCAAACACAAACCCCTCAATTTCACCAAAGAGAAAGAGGGGAAATCTGTTTGAGAAAAGGACATCCCAAGAACAACCCCACAAATAGTTCAACAAATTCTCCACCAAAACAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

501 aa · LXL04_004217|LXL04_004217|OH1004|PROTEIN

MAIVEPPCKGYGASRIGCGVSLISTFLPHPFSNHFYLPSYKIPISTSFHQTQTPQFHQRERGEICLRKGHPKNNPTNSSTNSPPKQLLSHCPLRFLGGFQMEEGSEPTTYWCHGCSRVVETFTEAEMIKCSLCQDGFVEEYDSARSDHHNHQHAGDPESDSALSLWAPIFFGMMSDPRRRRRIRQIEHGENDENEDSEERYRRYQREGGESELDRELESIMTRRRRSSATIVQLLRTGLRTQSENIPDREGGENNRERDR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004217`
TK1151 ID	TkA01G182930
OH-1004 ID	LXL04_004217
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.859 / OH-1004 92.415 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004217

位置 Chr01:129734929-129737500 (+)

描述 Similar to SIRP1: E3 ubiquitin-protein ligase SIRP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19950`	E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。	暂无已核实直接文献
`At3g56580`	E3 泛素蛋白连接酶，可促进渗透应激和脱落酸反应。	The atrzf1 mutation of the novel RING-type E3 ubiquitin ligase increases proline contents and enhances drought tolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2012.12.007 PCA22 acts as a suppressor of atrzf1 to mediate proline accumulation in response to abiotic stress in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx069
`At1g26800`	参与蛋白质质量控制（PQC）应对蛋白毒性应激的E3泛素蛋白连接酶。	MPSR1 is a cytoplasmic PQC E3 ligase for eliminating emergent misfolded proteins in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1073/pnas.1713574114

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0488800`	在体外具有E3泛素-蛋白连接酶活性。	Molecular dissection of Oryza sativa salt-induced RING Finger Protein 1 (OsSIRP1): possible involvement in the sensitivity response to salinity stress.2016 · DOI: 10.1111/ppl.12459

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004217 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0061635 regulation of protein complex stability 生物过程

GO:0071218 cellular response to misfolded protein 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0071629 cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26800

ath:AT3G19950

ath:AT3G56580

dosa:Os05g0488800

osa:4339152

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.555

排名 1 · LXL04_004217 · OH-1004

细胞核0.440

排名 2 · LXL04_004217 · OH-1004

细胞膜0.111

排名 3 · LXL04_004217 · OH-1004

内质网0.084

排名 4 · LXL04_004217 · OH-1004

线粒体0.055

排名 5 · LXL04_004217 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14369.12Zn_ribbon_19108-141 aa

PF13639.13zf-RING_2348-390 aa

PF17123.12zf-RING_11348-376 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2348-389 aa

PF00097.32zf-C3HC4349-389 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004217	`PF14369.12`	Zn_ribbon_19	108	141	3.3e-08	34.2
LXL04_004217	`PF13639.13`	zf-RING_2	348	390	7.1e-14	52.5
LXL04_004217	`PF17123.12`	zf-RING_11	348	376	7.6e-10	39.0
LXL04_004217	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	348	389	1.7e-08	34.8
LXL04_004217	`PF00097.32`	zf-C3HC4	349	389	1.3e-06	28.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPN7`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like	48.077%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94AK4`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RZF1	32.192%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LQX2`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase MPSR1	39.073%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6AVN2`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase SIRP1	40.339%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情