LXL04_004086 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004086

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 124775007-124779703 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3357 bp · LXL04_004086|LXL04_004086|OH1004|cDNA

ATGAAGCGTTATATGCAACCATTAAACCCTAGTTCGATAAAGCATAGTAAATCTTCTACCCGAAAACAGAAACATTCCAACGAAAATGCTCCACCTCCAGACGTCAACGCCATTTCAGATGCATTTATATCGCCATCTATTACAGGGAAACCATCTCCCGTTTCTGCCTGTAAAGTGAAATCTCCACTCCCACCAAGACCTCCTCCGTCTAGTTCTCTCAAGCGGAAGCTTAGTAATGATTTGCCTCTGGAAAATGGTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3357 bp · LXL04_004086|LXL04_004086|OH1004|CDS

ATGAAGCGTTATATGCAACCATTAAACCCTAGTTCGATAAAGCATAGTAAATCTTCTACCCGAAAACAGAAACATTCCAACGAAAATGCTCCACCTCCAGACGTCAACGCCATTTCAGATGCATTTATATCGCCATCTATTACAGGGAAACCATCTCCCGTTTCTGCCTGTAAAGTGAAATCTCCACTCCCACCAAGACCTCCTCCGTCTAGTTCTCTCAAGCGGAAGCTTAGTAATGATTTGCCTCTGGAAAATGGTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1118 aa · LXL04_004086|LXL04_004086|OH1004|PROTEIN

MKRYMQPLNPSSIKHSKSSTRKQKHSNENAPPPDVNAISDAFISPSITGKPSPVSACKVKSPLPPRPPPSSSLKRKLSNDLPLENGVAGSSDTGVKVIVRMRPPSKNEEEGEIIVQKTSGDSLSILGQPFTFDSIADATSTQVDIFQMVGAPLVENCIAGFNSSVFAYGQTGSGKTYTIWGPSNALLEDDSSSDQQGLTPRVFERLFLRINEEQNKHTDKQLMYQCRCSFLEIYNEQITDLLDPTQRNLQIREDTKTGVY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004086`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004086

位置 Chr01:124775007-124779703 (-)

描述 Similar to KIN12A: Kinesin-like protein KIN-12A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g23670`	Plus 端定向的驱动蛋白样运动酶，在胞质分裂过程中成膜体微管的组织中发挥关键作用。	Two Arabidopsis phragmoplast-associated kinesins play a critical role in cytokinesis during male gametogenesis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.050716
`At4g14150`	Plus 端定向的驱动蛋白样运动酶，在胞质分裂过程中成膜体微管的组织中发挥关键作用。	Identification of a phragmoplast-associated kinesin-related protein in higher plants.2000 · DOI: 10.1016/s0960-9822(00)00564-9 Two Arabidopsis phragmoplast-associated kinesins play a critical role in cytokinesis during male gametogenesis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.050716

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0350300`	Plus 端定向的驱动蛋白样运动酶，在胞质分裂过程中成膜体微管的组织中发挥关键作用。	暂无已核实直接文献
`Os02g0489800`	类驱动蛋白KIN-12B。	暂无已核实直接文献
`Os07g0638000`	类动力蛋白 KIN-12E。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004086 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0007112 male meiosis cytokinesis 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:0080175 phragmoplast microtubule organization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005871 kinesin complex 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

GO:0003777 microtubule motor activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G23670

ath:AT4G14150

dosa:Os04g0350300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.639

排名 1 · LXL04_004086 · OH-1004

细胞核0.333

排名 2 · LXL04_004086 · OH-1004

细胞膜0.092

排名 3 · LXL04_004086 · OH-1004

高尔基体0.061

排名 4 · LXL04_004086 · OH-1004

线粒体0.050

排名 5 · LXL04_004086 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16796.12Microtub_bd95-242 aa

PF00225.30Kinesin127-429 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004086	`PF16796.12`	Microtub_bd	95	242	5.3e-22	79.1
LXL04_004086	`PF00225.30`	Kinesin	127	429	4e-108	362.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7Y8`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-12B	59.792%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LDN0`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-12A	70.039%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XKR9`	水稻	Kinesin-like protein KIN-12A	50.865%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6K765`	水稻	Kinesin-like protein KIN-12B	61.509%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B9FUF9`	水稻	Kinesin-like protein KIN-12E	55.297%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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