LXL04_004068 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004068

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 124028272-124035331 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3963 bp · LXL04_004068|LXL04_004068|OH1004|cDNA

ATGAGTACGGTAGACAAGATGTTGATAAAAGGTATCCGGAGTTTCGATCCGGAGAACCGAAACGTCATCACCTTCTACAAGCCGTTAACGCTCATCGTTGGTCCTAACGGTGCTGGCAAAACTACTATTATCGAGTGCTTAAAGCTATCCTGTACGGGTGAATTGCCACCGAATGCTAGGTCTGGTCAGAGTTTCATCCATGATCCCaagGTTGCAGGGGAAACAGAAACAAAGGCCCAGATAAAGCTGCGGTTCAAGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3963 bp · LXL04_004068|LXL04_004068|OH1004|CDS

ATGAGTACGGTAGACAAGATGTTGATAAAAGGTATCCGGAGTTTCGATCCGGAGAACCGAAACGTCATCACCTTCTACAAGCCGTTAACGCTCATCGTTGGTCCTAACGGTGCTGGCAAAACTACTATTATCGAGTGCTTAAAGCTATCCTGTACGGGTGAATTGCCACCGAATGCTAGGTCTGGTCAGAGTTTCATCCATGATCCCAAGGTTGCAGGGGAAACAGAAACAAAGGCCCAGATAAAGCTGCGGTTCAAGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1320 aa · LXL04_004068|LXL04_004068|OH1004|PROTEIN

MSTVDKMLIKGIRSFDPENRNVITFYKPLTLIVGPNGAGKTTIIECLKLSCTGELPPNARSGQSFIHDPKVAGETETKAQIKLRFKTAAGKDVVCIRSFQLTQKASKMEYKAIESVLQTINPHTGEKVCLSYRCADMDREIPALMGVSKAILENVIFVHQDEANWPLQDSSTLKKKFDDIFSATRYTKALEVIKKLHKDQAQEIKLSQKDLEKLQILKDAAYKLRQSITQDHEESERLGSKMHDLELHLQDVDAKIRQTE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004068`
TK1151 ID	TkA01G206660
OH-1004 ID	LXL04_004068
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004068

位置 Chr01:124028272-124035331 (+)

描述 Similar to RAD50: DNA repair protein RAD50

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g31970`	MRN 复合物的组成部分，该复合物在双链断裂（DSB）修复、DNA 重组、端粒完整性维持和减数分裂中起核心作用。	Disruption of the Arabidopsis RAD50 gene leads to plant sterility and MMS sensitivity.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.00928.x RAD50 function is essential for telomere maintenance in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1073/pnas.98.4.1711 Homologous recombination in planta is stimulated in the absence of Rad50.2001 · DOI: 10.1093/embo-reports/kve069 Meiotic defects in the Arabidopsis rad50 mutant point to conservation of the MRX complex function in early stages of meiotic recombination.2004 · DOI: 10.1007/s00412-004-0309-1

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004068 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000019 regulation of mitotic recombination 生物过程

GO:0000722 telomere maintenance via recombination 生物过程

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0000729 DNA double-strand break processing 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006312 mitotic recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G31970

hsa:10111

rno:64012

xla:495064

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.884

排名 1 · LXL04_004068 · OH-1004

细胞质0.175

排名 2 · LXL04_004068 · OH-1004

线粒体0.025

排名 3 · LXL04_004068 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 4 · LXL04_004068 · OH-1004

高尔基体0.010

排名 5 · LXL04_004068 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02463.26SMC_N4-96 aa

PF13476.13AAA_236-225 aa

PF13304.13AAA_2129-50 aa

PF13558.13SbcC_Walker_B1194-1263 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004068	`PF02463.26`	SMC_N	4	96	1.1e-06	29.0
LXL04_004068	`PF13476.13`	AAA_23	6	225	8e-37	128.6
LXL04_004068	`PF13304.13`	AAA_21	29	50	5.7e-12	46.9
LXL04_004068	`PF13558.13`	SbcC_Walker_B	1194	1263	3.5e-06	27.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SL02`	拟南芥	DNA repair protein RAD50	62.121%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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