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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_003653
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 92108988-92112293 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1059 bp · LXL04_003653|LXL04_003653|OH1004|cDNA

ATGGTGAACAAAGGATCCGATGAAGATCACACAAATGATGTTATTGACGAACACGAATCCGATGGAGTCGACAATCAAATTCAGGATCCACAACCAAATGATAATCAAGGTGAATCCGATGAAGAGCACACAACCAATCTCGGGATCCAAAGCCAAATGAAAATCAAGATCGATTTGATTTGGATTTCAAAATTGATTTGGATTTTCAGTTCTTATGTGCTCTTATGTGCTCTTCTTATGTTCTTATGTGCTCTTCTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1059 bp · LXL04_003653|LXL04_003653|OH1004|CDS

ATGGTGAACAAAGGATCCGATGAAGATCACACAAATGATGTTATTGACGAACACGAATCCGATGGAGTCGACAATCAAATTCAGGATCCACAACCAAATGATAATCAAGGTGAATCCGATGAAGAGCACACAACCAATCTCGGGATCCAAAGCCAAATGAAAATCAAGATCGATTTGATTTGGATTTCAAAATTGATTTGGATTTTCAGTTCTTATGTGCTCTTATGTGCTCTTCTTATGTTCTTATGTGCTCTTCTTAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

352 aa · LXL04_003653|LXL04_003653|OH1004|PROTEIN

MVNKGSDEDHTNDVIDEHESDGVDNQIQDPQPNDNQGESDEEHTTNLGIQSQMKIKIDLIWISKLIWIFSSYVLLCALLMFLCALLMFLCSYVRGVRLRRDRIIVILEQKIFVYNFTDLKLLQQIETFANPKGLCEVSQASGNFVLVCLELRKGQVRVEHYASKQTKFILAHDSRMPASLCHRMGICLPQPATRELLFVSSILTTGHCCTRYVLISSTLFTIHEFLVRRGADRAEIHSLAFSPTAEWLAVSSDKVTILVF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_003653
TK1151 IDTkA01G308400
OH-1004 IDLXL04_003653
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.800 / OH-1004 34.375
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_003653
位置Chr01:92108988-92112293 (-)
描述Similar to ATG18A: Autophagy-related protein 18a
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g62770 可能作为 PI(3,5)P₂ 调控复合体的组分，参与磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸的合成及周转。
Autophagy differentially controls plant basal immunity to biotrophic and necrotrophic pathogens.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04546.x
A critical role of autophagy in plant resistance to necrotrophic fungal pathogens.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04553.x
The autophagy gene, ATG18a, plays a negative role in powdery mildew resistance and mildew-induced cell death in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.9.16967
At3g56440 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献
At2g40810 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献
At5g05150 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003653 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程
GO:0000422 autophagy of mitochondrion 生物过程
GO:0000425 pexophagy 生物过程
GO:0006914 autophagy 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G40810
ath:AT3G56440
ath:AT3G62770
ath:AT5G05150
xtr:493546
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.365
排名 1 · LXL04_003653 · OH-1004
细胞核0.322
排名 2 · LXL04_003653 · OH-1004
内质网0.252
排名 3 · LXL04_003653 · OH-1004
高尔基体0.130
排名 4 · LXL04_003653 · OH-1004
细胞膜0.120
排名 5 · LXL04_003653 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21032.3PROPPIN91-268 aa
PF21034.4BCAS3_WD40215-264 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_003653PF21032.3PROPPIN912681.2e-1041.9
LXL04_003653PF21034.4BCAS3_WD402152641.4e-0627.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q93VB2拟南芥Autophagy-related protein 18a58.303%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q0WPK3拟南芥Autophagy-related protein 18d43.972%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8GYD7拟南芥Autophagy-related protein 18c42.215%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FHK8拟南芥Autophagy-related protein 18e37.500%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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