LXL04_003612 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003612

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 88897228-88898887 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1485 bp · LXL04_003612|LXL04_003612|OH1004|cDNA

ATGTCGTCGTTGGCACCGCCGTCATCGTCTCTCTCGTTCTCATCCTCCCTATCATTGTCCTCCAACAGTTACCGAAATCTCCACCACCGTCACCGCATTCACTATCCCATAACATCTCCTCGGTTCCTATTTCGATGTGCAATGAGGTCAGCTTCATCAGTTGCTGCACCAAAGAAGAAGAAGCTATGGAAGCAAGGGGAGTACCCCGGCGATGTGGCGGGGACTTCGAGTTTCGACAGGAACAAGAGAAGAACACCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1485 bp · LXL04_003612|LXL04_003612|OH1004|CDS

ATGTCGTCGTTGGCACCGCCGTCATCGTCTCTCTCGTTCTCATCCTCCCTATCATTGTCCTCCAACAGTTACCGAAATCTCCACCACCGTCACCGCATTCACTATCCCATAACATCTCCTCGGTTCCTATTTCGATGTGCAATGAGGTCAGCTTCATCAGTTGCTGCACCAAAGAAGAAGAAGCTATGGAAGCAAGGGGAGTACCCCGGCGATGTGGCGGGGACTTCGAGTTTCGACAGGAACAAGAGAAGAACACCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

494 aa · LXL04_003612|LXL04_003612|OH1004|PROTEIN

MSSLAPPSSSLSFSSSLSLSSNSYRNLHHRHRIHYPITSPRFLFRCAMRSASSVAAPKKKKLWKQGEYPGDVAGTSSFDRNKRRTPNKNIKKKADRKDNLNSWVNTVTEAFTESINNKQWLRALEVFEMLKEQPFYQPKHGTYMKLIVLLGKSGQPQHAQNQFNTMIQEGLDPTPELYTALLAAYTRNNLLDPAFNILNQMNNHPSIQPDIHTYSILIKACVDASRFDLVQSLYEEMTKIPLTPNTLTQNTVLAGYGKAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003612`
TK1151 ID	TkA01G324550
OH-1004 ID	LXL04_003612
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003612

位置 Chr01:88897228-88898887 (-)

描述 Similar to EMB2750: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g06430`	含五次肽重复序列的蛋白At3g06430，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献
`At5g48730`	含有五肽重复序列的叶绿体蛋白质 At5g48730。	暂无已核实直接文献
`At3g53170`	含五肽重复结构的蛋白 At3g53170。	暂无已核实直接文献
`At5g02860`	含五肽重复的蛋白 At5g02860。	暂无已核实直接文献
`At4g39620`	对胚胎发育必不可少。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003612 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0019843 rRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06430

ath:AT3G53170

ath:AT5G02860

ath:AT5G48730

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.789

排名 1 · LXL04_003612 · OH-1004

线粒体0.156

排名 2 · LXL04_003612 · OH-1004

细胞核0.041

排名 3 · LXL04_003612 · OH-1004

细胞质0.017

排名 4 · LXL04_003612 · OH-1004

细胞膜0.009

排名 5 · LXL04_003612 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long120-237 aa

PF29070.1MSC6_N142-236 aa

PF23276.3TPR_24142-242 aa

PF13812.13PPR_3177-223 aa

PF13041.13PPR_2178-222 aa

PF13812.13PPR_3197-258 aa

PF29070.1MSC6_N238-340 aa

PF13812.13PPR_3277-327 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003612	`PF17177.11`	PPR_long	120	237	5.1e-17	62.7
LXL04_003612	`PF29070.1`	MSC6_N	142	236	4.6e-23	82.7
LXL04_003612	`PF23276.3`	TPR_24	142	242	5.6e-16	59.4
LXL04_003612	`PF13812.13`	PPR_3	177	223	2.6e-29	101.8
LXL04_003612	`PF13041.13`	PPR_2	178	222	2.9e-50	168.9
LXL04_003612	`PF13812.13`	PPR_3	197	258	2.6e-29	101.8
LXL04_003612	`PF29070.1`	MSC6_N	238	340	4.6e-23	82.7
LXL04_003612	`PF13812.13`	PPR_3	277	327	2.6e-29	101.8
LXL04_003612	`PF13041.13`	PPR_2	280	329	2.9e-50	168.9
LXL04_003612	`PF23276.3`	TPR_24	336	447	5.6e-16	59.4
LXL04_003612	`PF13041.13`	PPR_2	352	399	2.9e-50	168.9
LXL04_003612	`PF13812.13`	PPR_3	418	467	2.6e-29	101.8
LXL04_003612	`PF13041.13`	PPR_2	421	467	2.9e-50	168.9
LXL04_003612	`PF01535.27`	PPR	425	453	1.9e-42	141.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SQU6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic	64.877%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FKC3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g48730, chloroplastic	42.317%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SCP4`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53170	37.975%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LYZ9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860	31.081%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SV96`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39620, chloroplastic	28.280%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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