LXL04_003609 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003609

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 88678947-88681209 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2070 bp · LXL04_003609|LXL04_003609|OH1004|cDNA

ATGCCATTAAACACTGTTTCTTTGAATTCCTCTAAGCTACCTTCGTTTCTCTATGCTGCTAATGGCGAAACCAAGAAAAAGTCTCTTTCAAAACATCTCATATTCAACATTTTTTATGTTGGCTTGGTTACGTTATGTAGGTTTGTGATGTCCAACTCCAAACACCATGCCCTAGATTCCGAAAACGGCTCGATACAGGGTCTTTATCTGCTTAAGCTCTCTGATGAAGTTTTTTTTGTCAACCCAGTCCAGCTCCATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2070 bp · LXL04_003609|LXL04_003609|OH1004|CDS

ATGCCATTAAACACTGTTTCTTTGAATTCCTCTAAGCTACCTTCGTTTCTCTATGCTGCTAATGGCGAAACCAAGAAAAAGTCTCTTTCAAAACATCTCATATTCAACATTTTTTATGTTGGCTTGGTTACGTTATGTAGGTTTGTGATGTCCAACTCCAAACACCATGCCCTAGATTCCGAAAACGGCTCGATACAGGGTCTTTATCTGCTTAAGCTCTCTGATGAAGTTTTTTTTGTCAACCCAGTCCAGCTCCATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

689 aa · LXL04_003609|LXL04_003609|OH1004|PROTEIN

MPLNTVSLNSSKLPSFLYAANGETKKKSLSKHLIFNIFYVGLVTLCRFVMSNSKHHALDSENGSIQGLYLLKLSDEVFFVNPVQLHQGLESCSTMKELRQYHSQIIKLGLSCDNDAIGRVIKFCAISKTGDLGYALKVFDKLPEPDPFIYNTMFRGYVQFQLAKECISLYSQMLQSCVTPNKFSFPPVTRACSFHNTTEEGKQVHAQIFKFGYSSDGFSQNNLIHMYVSFKHLKEARRVFDKMPHRDPISWTTLITGYSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003609`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003609

位置 Chr01:88678947-88681209 (-)

描述 Similar to PCMP-H61: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g66520`	含五肽重复序列的蛋白 At5g66520。	暂无已核实直接文献
`At5g48910`	含五次肽重复序列的蛋白At5g48910。	暂无已核实直接文献
`At5g06540`	含五肽重复序列的蛋白 At5g06540。	暂无已核实直接文献
`At2g29760`	参与叶绿体中的RNA编辑事件。	A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
`At4g37380`	在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003609 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G29760

ath:AT5G06540

ath:AT5G48910

ath:AT5G66520

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.584

排名 1 · LXL04_003609 · OH-1004

质体0.284

排名 2 · LXL04_003609 · OH-1004

细胞核0.056

排名 3 · LXL04_003609 · OH-1004

细胞质0.035

排名 4 · LXL04_003609 · OH-1004

细胞膜0.007

排名 5 · LXL04_003609 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2145-185 aa

PF13041.13PPR_2247-278 aa

PF12854.14PPR_1247-274 aa

PF01535.27PPR249-278 aa

PF13041.13PPR_2279-324 aa

PF01535.27PPR281-308 aa

PF29070.1MSC6_N281-373 aa

PF23276.3TPR_24282-374 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003609	`PF13041.13`	PPR_2	145	185	3.8e-47	158.9
LXL04_003609	`PF13041.13`	PPR_2	247	278	3.8e-47	158.9
LXL04_003609	`PF12854.14`	PPR_1	247	274	6.2e-27	93.7
LXL04_003609	`PF01535.27`	PPR	249	278	2.2e-52	172.4
LXL04_003609	`PF13041.13`	PPR_2	279	324	3.8e-47	158.9
LXL04_003609	`PF01535.27`	PPR	281	308	2.2e-52	172.4
LXL04_003609	`PF29070.1`	MSC6_N	281	373	5e-17	62.8
LXL04_003609	`PF23276.3`	TPR_24	282	374	2.4e-09	37.9
LXL04_003609	`PF29070.1`	MSC6_N	335	391	5e-17	62.8
LXL04_003609	`PF29070.1`	MSC6_N	365	482	5e-17	62.8
LXL04_003609	`PF13041.13`	PPR_2	384	434	3.8e-47	158.9
LXL04_003609	`PF01535.27`	PPR	387	414	2.2e-52	172.4
LXL04_003609	`PF20431.5`	E_motif	503	565	8.4e-16	58.7
LXL04_003609	`PF14432.13`	DYW_deaminase	608	689	2.3e-34	117.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJY7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520	45.634%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FI80`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g48910	40.446%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FG16`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06540	40.426%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82380`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic	43.640%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SZT8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein ELI1, chloroplastic	40.554%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情