LXL04_003521 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003521

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 81905557-81906679 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

613 bp · LXL04_003521|LXL04_003521|OH1004|cDNA

TTATTTTACTCCTGGTACATACGCAAACAAAGATTCAGCAGTTGCAGCCAGGCTGGCAGCAGGGTTGTGTGCTGATCTGGCTTTAGCAATATATACCGGACGTGCTAAAAATGGGTTTGCACTGGTGCGTCCTCCTGGTCATCATGCTGGTGTGAAACAGGAAATGGGGTTCTGCCTGCACAACAATGCAGCAATTGCTGCATTTGCAGCACAAGCTGTAGGAGCAATTGGGGGTATCTTTGGTTTTGGCAAGGGCTCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

561 bp · LXL04_003521|LXL04_003521|OH1004|CDS

CTGGCAGCAGGGTTGTGTGCTGATCTGGCTTTAGCAATATATACCGGACGTGCTAAAAATGGGTTTGCACTGGTGCGTCCTCCTGGTCATCATGCTGGTGTGAAACAGGAAATGGGGTTCTGCCTGCACAACAATGCAGCAATTGCTGCATTTGCAGCACAAGCTGTAGGAGCAATTGGGGGTATCTTTGGTTTTGGCAAGGGCTCTGCCAGTGTTCCTTTTCTTTGGCTTCTACTGTGGATTACTGATGTCATTTGGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

186 aa · LXL04_003521|LXL04_003521|OH1004|PROTEIN

MAAGLCADLALAIYTGRAKNGFALVRPPGHHAGVKQEMGFCLHNNAAIAAFAAQAVGAIGGIFGFGKGSASVPFLWLLLWITDVIWYMWSLRPILKRVLYGGGKLAAFWLFSNFFTWLPKCVKMLTSEPNDQHQILAFNWFVAVIVPNSCNKTMLVLFNILIFFHYLFTYKLNGGEPALQKLQFRV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003521`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003521

位置 Chr01:81905557-81906679 (+)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18520`	催化核心组蛋白H2A、H2B、H3和H4的N端赖氨酸残基去乙酰化。	PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR3 associates with the histone deacetylase HDA15 in repression of chlorophyll biosynthesis and photosynthesis in etiolated Arabidopsis seedlings.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.109710 MYB96 recruits the HDA15 protein to suppress negative regulators of ABA signaling in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1038/s41467-019-09417-1 HY5 Interacts with the Histone Deacetylase HDA15 to Repress Hypocotyl Cell Elongation in Photomorphogenesis.2019 · DOI: 10.1104/pp.19.00055 Arabidopsis histone deacetylase HDA15 directly represses plant response to elevated ambient temperature.2019 · DOI: 10.1111/tpj.14492

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003521 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007168 receptor guanylyl cyclase signaling pathway 生物过程

GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0033555 multicellular organismal response to stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18520

cbr:CBG_16328

cel:CELE_C10E2.3

cge:100689350

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.399

排名 1 · LXL04_003521 · OH-1004

高尔基体0.235

排名 2 · LXL04_003521 · OH-1004

细胞质0.140

排名 3 · LXL04_003521 · OH-1004

细胞核0.109

排名 4 · LXL04_003521 · OH-1004

线粒体0.101

排名 5 · LXL04_003521 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00850.25Hist_deacetyl2-55 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003521	`PF00850.25`	Hist_deacetyl	2	55	8.6e-13	49.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GXJ1`	拟南芥	Histone deacetylase 15	82.500%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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