LXL04_003478 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003478

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 80702271-80707619 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1067 bp · LXL04_003478|LXL04_003478|OH1004|cDNA

ATGCAGATATTCGTGAAAACCCTGACCGGCAAGACCATTACCTTGGAGGTTGAAAATTCTGATACGATTGACAAAGTGCAGGCCAAGATACATGACAAGGAAGGGATCCCTCCCGATCAGCAGATGCTTATCTTTGTCGGCAAGCATCTAGAACATGAATGGCGTTCTCTTGCTATGTATAACGTTCAGAAAGAATCTACCCTGCATCTCGGGATACGGATCTTTGTGAGAACGCCGACTGGTAAGACCATCACTATCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1008 bp · LXL04_003478|LXL04_003478|OH1004|CDS

ATGCAGATATTCGTGAAAACCCTGACCGGCAAGACCATTACCTTGGAGGTTGAAAATTCTGATACGATTGACAAAGTGCAGGCCAAGATACATGACAAGGAAGGGATCCCTCCCGATCAGCAGATGCTTATCTTTGTCGGCAAGCATCTAGAACATGAATGGCGTTCTCTTGCTATGTATAACGTTCAGAAAGAATCTACCCTGCATCTCGGGATACGGATCTTTGTGAGAACGCCGACTGGTAAGACCATCACTATCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

335 aa · LXL04_003478|LXL04_003478|OH1004|PROTEIN

MQIFVKTLTGKTITLEVENSDTIDKVQAKIHDKEGIPPDQQMLIFVGKHLEHEWRSLAMYNVQKESTLHLGIRIFVRTPTGKTITIAVESFSTIGKLKAKIEDKEGIPLHQQRLIIAGENCWNLIKHKRNCRKELQKVQKKVKPGIYVQTRDDYKDVERLLHKVQEPFTVLSEPGMFNSARNQSLIFKEAIIELLRNETLDISCILWYQMDHSMLILICPHEFKGNILDSKLGLKNLKHYRIVQHVNKAVTRFKLNKTNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003478`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003478

位置 Chr01:80702271-80707619 (+)

描述 Similar to Polyubiquitin (Fragment)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g05050`	泛素可以共价地附着在另一种蛋白质上，也可以以游离（非锚定）形式存在。	暂无已核实直接文献
`At4g02890`	泛素可以共价地附着在另一种蛋白质上，也可以以游离（非锚定）形式存在。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003478 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0019941 modification-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003735 structural constituent of ribosome 分子功能

GO:0031386 protein tag activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G05050

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.510

排名 1 · LXL04_003478 · OH-1004

细胞核0.453

排名 2 · LXL04_003478 · OH-1004

细胞膜0.070

排名 3 · LXL04_003478 · OH-1004

内质网0.063

排名 4 · LXL04_003478 · OH-1004

线粒体0.053

排名 5 · LXL04_003478 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11976.15Rad60-SLD1-70 aa

PF00240.30ubiquitin3-72 aa

PF11976.15Rad60-SLD72-119 aa

PF00240.30ubiquitin74-118 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003478	`PF11976.15`	Rad60-SLD	1	70	1.2e-17	64.2
LXL04_003478	`PF00240.30`	ubiquitin	3	72	2.4e-34	117.6
LXL04_003478	`PF11976.15`	Rad60-SLD	72	119	1.2e-17	64.2
LXL04_003478	`PF00240.30`	ubiquitin	74	118	2.4e-34	117.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0CH33`	拟南芥	Polyubiquitin 11	69.767%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q3E7T8`	拟南芥	Polyubiquitin 14	69.767%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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