LXL04_003442 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003442

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 79178967-79181472 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

885 bp · LXL04_003442|LXL04_003442|OH1004|cDNA

ATGGCGACAGACCCGCCGGAGGGGTACGGAGACGACTTTCTTGAACAAATTCTCGCGATTCCTGCTTACAACATCTCCGGATGCTTGCCTGGTAATACTACCGATGCTAATGCTTCTGATACGGTGTCCGTTCATCAtcaacagcaacagcagcaaccGGTGTTTCCGTTAGGTTTGAGCTTAGATAATGGCCGTGAAACAATCGGTGCGTTTGCAGGGCAGCAACAGCAGCAGAGGGACAGAGGAGTGAGTATGAACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

885 bp · LXL04_003442|LXL04_003442|OH1004|CDS

ATGGCGACAGACCCGCCGGAGGGGTACGGAGACGACTTTCTTGAACAAATTCTCGCGATTCCTGCTTACAACATCTCCGGATGCTTGCCTGGTAATACTACCGATGCTAATGCTTCTGATACGGTGTCCGTTCATCATCAACAGCAACAGCAGCAACCGGTGTTTCCGTTAGGTTTGAGCTTAGATAATGGCCGTGAAACAATCGGTGCGTTTGCAGGGCAGCAACAGCAGCAGAGGGACAGAGGAGTGAGTATGAACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

294 aa · LXL04_003442|LXL04_003442|OH1004|PROTEIN

MATDPPEGYGDDFLEQILAIPAYNISGCLPGNTTDANASDTVSVHHQQQQQQPVFPLGLSLDNGRETIGAFAGQQQQQRDRGVSMNMSGLFPSFENLQSHSLLHSVPQAFQGQSTTSTAVTVPHPPSIRPRVRARRGQATDPHSIAERLRRERIAERMRALQELVPSCNKTDKAAMLDEILDYVKFLRLQVKVLSMSRLGGAGAVAQLVSDVPLQSVEGDASENGYNQPAWENWSNDDTEREVAKLMEEDVGAAMQFLQS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003442`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003442

位置 Chr01:79178967-79181472 (+)

描述 Similar to UNE12: Transcription factor UNE12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02590`	受精所需的胚珠。	暂无已核实直接文献
`At1g03040`	转录因子bHLH7。	暂无已核实直接文献
`At2g24260`	调控根毛发育的转录因子。	Conservation of lotus and Arabidopsis basic helix-loop-helix proteins reveals new players in root hair development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143867
`At4g30980`	调控根毛发育的转录因子。	Conservation of lotus and Arabidopsis basic helix-loop-helix proteins reveals new players in root hair development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143867

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003442 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009567 double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0048235 pollen sperm cell differentiation 生物过程

GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:0080147 root hair cell development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03040

ath:AT2G24260

ath:AT4G02590

ath:AT4G30980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.973

排名 1 · LXL04_003442 · OH-1004

细胞质0.098

排名 2 · LXL04_003442 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 3 · LXL04_003442 · OH-1004

内质网0.019

排名 4 · LXL04_003442 · OH-1004

质体0.012

排名 5 · LXL04_003442 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00010.32HLH143-188 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003442	`PF00010.32`	HLH	143	188	1.1e-08	35.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22768`	拟南芥	Transcription factor UNE12	52.769%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93Y00`	拟南芥	Transcription factor bHLH7	60.744%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZUG9`	拟南芥	Transcription factor LRL1	46.014%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8S3D5`	拟南芥	Transcription factor LRL2	53.731%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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