LXL04_003381 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003381

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 77084605-77087723 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1521 bp · LXL04_003381|LXL04_003381|OH1004|cDNA

ATGGCATCTTCTAGGGTTTATACTGTACTTTTCTTCTGTGTTTTTGCAATCTTATCATCCAGTGTATCGATCTCTTCTGCTACCGAGGCGGAGAAAGAACATGTTTTGACTTTGGATCACTCAAATTTCTCAGAAGTTGTGTCTAAACACAAATTCCTAGTCGTTGAGTTCTACGCTCCTTGGTGCGGTCACTGTAAGAGCCTGGCTCCAGAGTATGAAAAGGCAGCATCTGTGTTATCAAGCAACGAGCCTCCAGTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1521 bp · LXL04_003381|LXL04_003381|OH1004|CDS

ATGGCATCTTCTAGGGTTTATACTGTACTTTTCTTCTGTGTTTTTGCAATCTTATCATCCAGTGTATCGATCTCTTCTGCTACCGAGGCGGAGAAAGAACATGTTTTGACTTTGGATCACTCAAATTTCTCAGAAGTTGTGTCTAAACACAAATTCCTAGTCGTTGAGTTCTACGCTCCTTGGTGCGGTCACTGTAAGAGCCTGGCTCCAGAGTATGAAAAGGCAGCATCTGTGTTATCAAGCAACGAGCCTCCAGTATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

506 aa · LXL04_003381|LXL04_003381|OH1004|PROTEIN

MASSRVYTVLFFCVFAILSSSVSISSATEAEKEHVLTLDHSNFSEVVSKHKFLVVEFYAPWCGHCKSLAPEYEKAASVLSSNEPPVFLAKVDANAEENKVLAQQYEIQGFPTIKILKNGGEVVQDYKGPREADGIVEYLKKQVGPASFEIKTPEDAASLIDEKKVFVVGIFPTFSGEEYENFTILADKLRSDYEFGHTTNAQLLPRGESSVTTPTIRLLKPFDELVVDFQTFEVDALEKFIEDASIPLVTLFDQSPSNQP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003381`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003381

位置 Chr01:77084605-77087723 (-)

描述 Similar to Protein disulfide-isomerase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g21750`	蛋白质二硫键异构酶，与 RD21A 蛋白酶结合，从内质网通过高尔基体运输到发育种子中内皮细胞的裂解和蛋白质储存液泡。	Arabidopsis protein disulfide isomerase-5 inhibits cysteine proteases during trafficking to vacuoles before programmed cell death of the endothelium in developing seeds.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058339

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0199200`	可能的蛋白质二硫键异构酶，在胚乳内质网腔内谷蛋白原和谷醇溶蛋白多肽的分离中发挥重要作用。	Protein disulfide isomerase like 1-1 participates in the maturation of proglutelin within the endoplasmic reticulum in rice endosperm.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcq098

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003381 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0034975 protein folding in endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0000326 protein storage vacuole 细胞组分

GO:0000327 lytic vacuole within protein storage vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21750

dosa:Os11g0199200

rcu:8281065

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.877

排名 1 · LXL04_003381 · OH-1004

细胞质0.120

排名 2 · LXL04_003381 · OH-1004

细胞核0.064

排名 3 · LXL04_003381 · OH-1004

溶酶体／液泡0.059

排名 4 · LXL04_003381 · OH-1004

高尔基体0.057

排名 5 · LXL04_003381 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04756.20OST3_OST631-160 aa

PF00085.27Thioredoxin35-141 aa

PF20207.5PedC-like37-126 aa

PF13098.14Thioredoxin_243-141 aa

PF13848.13Thioredoxin_6172-342 aa

PF00085.27Thioredoxin379-482 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003381	`PF04756.20`	OST3_OST6	31	160	3e-11	44.0
LXL04_003381	`PF00085.27`	Thioredoxin	35	141	2e-54	182.6
LXL04_003381	`PF20207.5`	PedC-like	37	126	2.5e-06	28.2
LXL04_003381	`PF13098.14`	Thioredoxin_2	43	141	1.1e-13	52.2
LXL04_003381	`PF13848.13`	Thioredoxin_6	172	342	1.5e-31	110.4
LXL04_003381	`PF00085.27`	Thioredoxin	379	482	2e-54	182.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XI01`	拟南芥	Protein disulfide isomerase-like 1-1	59.958%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q53LQ0`	水稻	Protein disulfide isomerase-like 1-1	61.441%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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