LXL04_003356 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003356

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 75977324-75983651 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3711 bp · LXL04_003356|LXL04_003356|OH1004|cDNA

ATGGCGGCAACGATAAAGACTAACGGGAATCTTGTCGAGGTCAATGATGACGACGATGGAGGTCAAGAACAAAATGGGCATTCTGTTTCTGAAACAGAGGCAAAGGACGGTATTCAGAAGAACAGAGGCAGGAAAAGAGGTCTGGAAGAGACCAGCGGGAGCACCGGCACTGCTACTAAATctcaagaaaagaagaataaACCAGTCGATCGTCAAAAGCAGGCTGTTTCTAGAGAAGAAGAAAAGACAATGACGACGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3711 bp · LXL04_003356|LXL04_003356|OH1004|CDS

ATGGCGGCAACGATAAAGACTAACGGGAATCTTGTCGAGGTCAATGATGACGACGATGGAGGTCAAGAACAAAATGGGCATTCTGTTTCTGAAACAGAGGCAAAGGACGGTATTCAGAAGAACAGAGGCAGGAAAAGAGGTCTGGAAGAGACCAGCGGGAGCACCGGCACTGCTACTAAATCTCAAGAAAAGAAGAATAAACCAGTCGATCGTCAAAAGCAGGCTGTTTCTAGAGAAGAAGAAAAGACAATGACGACGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1236 aa · LXL04_003356|LXL04_003356|OH1004|PROTEIN

MAATIKTNGNLVEVNDDDDGGQEQNGHSVSETEAKDGIQKNRGRKRGLEETSGSTGTATKSQEKKNKPVDRQKQAVSREEEKTMTTIVALSSDDENNAVINRKEDKKKRWYPKRSTRIDGFSYAIFNLEDDVEEDVGKKTQQRSTSKKEKMGEEEQDKSIRKKRQLSAPKKEKTGEGKQDKISQAASSSSKNDGTRPRCAARHMVSDENGNLVYVQSEMCHQCQRNDKGHVVRCQKCTTKRYCQPCMETWYPNMTEEMFA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003356`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003356

位置 Chr01:75977324-75983651 (-)

描述 Similar to JMJ25: Lysine-specific demethylase JMJ25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g11950`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献
`At1g62310`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献
`At4g00990`	组蛋白去甲基酶，可去甲基化组蛋白H3的'Lys-9'(H3K9me)，对H3K9me1和H3K9me2具有特异性活性。	JMJ27, an Arabidopsis H3K9 histone demethylase, modulates defense against Pseudomonas syringae and flowering time.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13623 JMJ27-mediated histone H3K9 demethylation positively regulates drought-stress responses in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1111/nph.17593
`At3g07610`	组蛋白去甲基酶，去甲基化组蛋白 H3 的 'Lys-9' (H3K9me)，特别针对 H3K9me2 和 H3K9me1。	Control of genic DNA methylation by a jmjC domain-containing protein in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1126/science.1150987 An Arabidopsis jmjC domain protein protects transcribed genes from DNA methylation at CHG sites.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2009.59 Autocatalytic differentiation of epigenetic modifications within the Arabidopsis genome.2010 · DOI: 10.1038/emboj.2010.227 DNA methylation in an intron of the IBM1 histone demethylase gene stabilizes chromatin modification patterns.2012 · DOI: 10.1038/emboj.2012.141 IBM1, a JmjC domain-containing histone demethylase, is involved in the regulation of RNA-directed DNA methylation through the epigenetic control of RDR2 and DCL3 expression in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks647 SHOOT GROWTH1 maintains Arabidopsis epigenomes by regulating IBM1.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0084687 Demethylation of ERECTA receptor genes by IBM1 histone demethylase affects stomatal development.2016 · DOI: 10.1242/dev.129932 Contrasting epigenetic control of transgenes and endogenous genes promotes post-transcriptional transgene silencing in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1038/s41467-021-22995-3 The arabidopsis GyraseB3 contributes to transposon silencing by promoting histone deacetylation.2025 · DOI: 10.1093/nar/gkaf985
`At1g09060`	可能结合组蛋白 H3，但因无法结合 Fe²⁺ 而丧失去甲基化酶活性。	JMJ24 binds to RDR2 and is required for the basal level transcription of silenced loci in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12924 JMJ24 targets CHROMOMETHYLASE3 for proteasomal degradation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1101/gad.274647.115 A JUMONJI Protein with E3 Ligase and Histone H3 Binding Activities Affects Transposon Silencing in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01688

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003356 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11950

ath:AT1G62310

ath:AT3G07610

ath:AT4G00990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.912

排名 1 · LXL04_003356 · OH-1004

细胞质0.112

排名 2 · LXL04_003356 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 3 · LXL04_003356 · OH-1004

内质网0.023

排名 4 · LXL04_003356 · OH-1004

线粒体0.014

排名 5 · LXL04_003356 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10497.15zf-4CXXC_R1216-280 aa

PF02373.29JmjC763-859 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003356	`PF10497.15`	zf-4CXXC_R1	216	280	1.8e-06	28.8
LXL04_003356	`PF02373.29`	JmjC	763	859	1.3e-15	58.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0SUU8`	拟南芥	Lysine-specific demethylase JMJ26	45.225%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0SV12`	拟南芥	Lysine-specific demethylase JMJ29	44.223%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8VYB9`	拟南芥	Lysine-specific demethylase JMJ27	42.298%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SSE9`	拟南芥	Lysine-specific demethylase JMJ25	56.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4HZD1`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase JMJ24	35.270%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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