LXL04_003344 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003344

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 75634596-75651636 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5010 bp · LXL04_003344|LXL04_003344|OH1004|cDNA

ATGAGTCTCGGAGAAGGCACTCCCAGGCTTTCGTCTTCCCCACTCGATATCTCCCTGTCTCGCGTCTCACTCGGTCTCTCTTACCGGCGCGCAATGGAACAGCAGTGCCAATTGTTTGCTAAACCCGCGAAGTGGACTCTAATAGGCGGGAATCCTTCTTTTGAATCTACAGCAATCCCCACTGTTTTCAAAACCCTAATTCCATCCACCGTTTCTCTTCCTCCCGTGAACATTTACTTCCCGTCGATTCTcaagaaata...

CDS

下载 CDS FASTA

5010 bp · LXL04_003344|LXL04_003344|OH1004|CDS

ATGAGTCTCGGAGAAGGCACTCCCAGGCTTTCGTCTTCCCCACTCGATATCTCCCTGTCTCGCGTCTCACTCGGTCTCTCTTACCGGCGCGCAATGGAACAGCAGTGCCAATTGTTTGCTAAACCCGCGAAGTGGACTCTAATAGGCGGGAATCCTTCTTTTGAATCTACAGCAATCCCCACTGTTTTCAAAACCCTAATTCCATCCACCGTTTCTCTTCCTCCCGTGAACATTTACTTCCCGTCGATTCTCAAGAAATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1669 aa · LXL04_003344|LXL04_003344|OH1004|PROTEIN

MSLGEGTPRLSSSPLDISLSRVSLGLSYRRAMEQQCQLFAKPAKWTLIGGNPSFESTAIPTVFKTLIPSTVSLPPVNIYFPSILKKYFFCMATTIEDDGKIDDSEMDVEVTVDDQERCRNVDDAGGVPSPHTLPLNHEQLELNMISSCSNAVLSTKGLLAEENENQEKEEERPDSINVDGVEEKNGVKKKRGRKKGWKANNRNTGTATKPQENKSKTRGRRKRVVALEKPMKTGVVKSSVDDNKSPEETDEGMVDAEAAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003344`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003344

位置 Chr01:75634596-75651636 (-)

描述 Similar to ANTR5: Probable anion transporter 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44370`	无机磷酸盐和可能的阴离子转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g11950`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献
`At1g62310`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0180100`	可能的阴离子转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os11g0186800`	可能的阴离子转运蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003344 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006811 monoatomic ion transport 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0000118 histone deacetylase complex 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0048188 Set1C/COMPASS complex 细胞组分

GO:0003712 transcription coregulator activity 分子功能

GO:0005315 phosphate transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11950

ath:AT5G44370

dosa:Os11g0186800

dosa:Os12g0180100

osa:4349969

osa:4351670

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.438

排名 1 · LXL04_003344 · OH-1004

细胞膜0.184

排名 2 · LXL04_003344 · OH-1004

细胞质0.180

排名 3 · LXL04_003344 · OH-1004

内质网0.177

排名 4 · LXL04_003344 · OH-1004

高尔基体0.080

排名 5 · LXL04_003344 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02373.29JmjC1037-1135 aa

PF07690.22MFS_11251-1616 aa

PF00083.31Sugar_tr1259-1415 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003344	`PF02373.29`	JmjC	1037	1135	1.2e-14	55.4
LXL04_003344	`PF07690.22`	MFS_1	1251	1616	3.5e-49	168.3
LXL04_003344	`PF00083.31`	Sugar_tr	1259	1415	7.5e-08	32.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKV1`	拟南芥	Probable anion transporter 5	76.716%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`C0SUU8`	拟南芥	Lysine-specific demethylase JMJ26	44.403%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`C0SV12`	拟南芥	Lysine-specific demethylase JMJ29	44.231%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2QWW7`	水稻	Probable anion transporter 7	70.343%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q53P54`	水稻	Probable anion transporter 6	71.078%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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