LXL04_003257 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003257

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 72275270-72278241 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1758 bp · LXL04_003257|LXL04_003257|OH1004|cDNA

ATGAAGAAATCGGAGCGGCCAAAGGCATCAAAACACGAAGATGGGGTTGATTTGATCAGTAGCATGCCAGATGGTGTTCTTCTTATGATTCTTTCATGTAATTTACGCACCGAAGAAGTAGTTCGAAGCAGCATTTTGTCCAGACGATGGAGGTACCTGTGGACTGCAATTCCCTCTGTGGAGATAGACGTACGCTACAAAGAAAACGTCACACAAAACACAGTCAAACAAAGCGAATTCAAAGAGTTTGTGTATTGGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1758 bp · LXL04_003257|LXL04_003257|OH1004|CDS

ATGAAGAAATCGGAGCGGCCAAAGGCATCAAAACACGAAGATGGGGTTGATTTGATCAGTAGCATGCCAGATGGTGTTCTTCTTATGATTCTTTCATGTAATTTACGCACCGAAGAAGTAGTTCGAAGCAGCATTTTGTCCAGACGATGGAGGTACCTGTGGACTGCAATTCCCTCTGTGGAGATAGACGTACGCTACAAAGAAAACGTCACACAAAACACAGTCAAACAAAGCGAATTCAAAGAGTTTGTGTATTGGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

585 aa · LXL04_003257|LXL04_003257|OH1004|PROTEIN

MKKSERPKASKHEDGVDLISSMPDGVLLMILSCNLRTEEVVRSSILSRRWRYLWTAIPSVEIDVRYKENVTQNTVKQSEFKEFVYWVLSNRSADLDCFRLFCFDFYSMSTVGRWIHIAVTRNVKRLVLGFGPKERAADVELPHCLVNCGSLEVLNLCLWGRRLRLPNVMGFPALRVLHLSEFNLPEDGDWIKGFFESLPLLEELSLTNCFMEELDLLCISCLKLKTLSLGNIDDLLMCDGIKISCPKLVDLDITDSLKKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003257`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003257

位置 Chr01:72275270-72278241 (-)

描述 Similar to At3g52680: F-box/FBD/LRR-repeat protein At3g52680

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52680`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At3g52680。	暂无已核实直接文献
`At5g56420`	F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At5g56420。	暂无已核实直接文献
`At1g69630`	F-box/LRR重复蛋白13。	暂无已核实直接文献
`At4g00160`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At4g00160。	暂无已核实直接文献
`At5g56560`	推测的 FBD 相关 F-box 蛋白 At5g56560。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003257 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69630

ath:AT3G52680

ath:AT4G00160

ath:AT5G56420

ath:AT5G56560

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.781

排名 1 · LXL04_003257 · OH-1004

细胞质0.220

排名 2 · LXL04_003257 · OH-1004

细胞膜0.061

排名 3 · LXL04_003257 · OH-1004

内质网0.046

排名 4 · LXL04_003257 · OH-1004

质体0.021

排名 5 · LXL04_003257 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF194-319 aa

PF24758.2LRR_At5g56370112-337 aa

PF13966.12zf-RVT514-577 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003257	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	94	319	1.9e-07	31.5
LXL04_003257	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	112	337	1.2e-12	48.7
LXL04_003257	`PF13966.12`	zf-RVT	514	577	4.6e-12	47.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LXJ6`	拟南芥	F-box/FBD/LRR-repeat protein At3g52680	33.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FM89`	拟南芥	F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420	30.769%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FWZ1`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 13	31.229%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LF09`	拟南芥	F-box/FBD/LRR-repeat protein At4g00160	31.967%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJV2`	拟南芥	Putative FBD-associated F-box protein At5g56560	24.942%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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