LXL04_003110 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003110

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 68024550-68031774 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2097 bp · LXL04_003110|LXL04_003110|OH1004|cDNA

ATGGCTGATGGAGATGTTGATGTAGCATTGGAGTTAATGGAAAAGGAAAACCTATGTCTGTACGGATTCCCGAATGAGCAGTGGGAGGTCCCACCGGAGCTTCCGGAACCTGCCCTGTGCATCAACTTTGCAAGAGACGACATGCTCGAAAAGGACTGGCTGGCTTTAGTGGCGGTTCACGGGGACGCCTGGCTTCTCGCGGTGGCCTTCTATTTCGGGGCTCGTTTTAGATTCGAAAAAGCCGACCGAAAGCGCCTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2097 bp · LXL04_003110|LXL04_003110|OH1004|CDS

ATGGCTGATGGAGATGTTGATGTAGCATTGGAGTTAATGGAAAAGGAAAACCTATGTCTGTACGGATTCCCGAATGAGCAGTGGGAGGTCCCACCGGAGCTTCCGGAACCTGCCCTGTGCATCAACTTTGCAAGAGACGACATGCTCGAAAAGGACTGGCTGGCTTTAGTGGCGGTTCACGGGGACGCCTGGCTTCTCGCGGTGGCCTTCTATTTCGGGGCTCGTTTTAGATTCGAAAAAGCCGACCGAAAGCGCCTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

698 aa · LXL04_003110|LXL04_003110|OH1004|PROTEIN

MADGDVDVALELMEKENLCLYGFPNEQWEVPPELPEPALCINFARDDMLEKDWLALVAVHGDAWLLAVAFYFGARFRFEKADRKRLFNMINDLPTIFEVVSKKQVKDKSSVSNHSSSKSKSNSKAKGLELKFLKPKEDEDEGLDDEEEEEEEEHGDTLCGSCGENYASDEFWICCDICEKWFHGSCVKITLARAEHIKQIFNNIEDNQVPSTTKTNAMLGIPCFVPATNKKKNGTSPFFPLDRLNAARSLPSSSLAATTN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003110`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003110

位置 Chr01:68024550-68031774 (+)

描述 Similar to AL5: PHD finger protein ALFIN-LIKE 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g20510`	组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。	暂无已核实直接文献
`At3g42790`	组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0444900`	组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XTW9`	组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003110 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003712 transcription coregulator activity 分子功能

GO:0003714 transcription corepressor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G42790

ath:AT5G20510

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.505

排名 1 · LXL04_003110 · OH-1004

细胞核0.416

排名 2 · LXL04_003110 · OH-1004

细胞膜0.129

排名 3 · LXL04_003110 · OH-1004

内质网0.075

排名 4 · LXL04_003110 · OH-1004

线粒体0.050

排名 5 · LXL04_003110 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12165.14Alfin14-101 aa

PF00628.36PHD159-198 aa

PF12165.14Alfin399-493 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003110	`PF12165.14`	Alfin	14	101	5.3e-84	279.1
LXL04_003110	`PF00628.36`	PHD	159	198	5.4e-08	33.5
LXL04_003110	`PF12165.14`	Alfin	399	493	5.3e-84	279.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5XEM9`	拟南芥	PHD finger protein ALFIN-LIKE 5	63.547%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M2B4`	拟南芥	PHD finger protein ALFIN-LIKE 3	64.433%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XUW3`	水稻	PHD finger protein ALFIN-LIKE 4	56.853%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2XTW9`	水稻	PHD finger protein ALFIN-LIKE 4	56.345%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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