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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_003012
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 64961658-64968634 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3462 bp · LXL04_003012|LXL04_003012|OH1004|cDNA

ATGCATGATGGACATGGAACCCTAAATCAAAATCTACCTACCGCAATCAAAACAGATCGTCAAATTCAGATTTGGTTCAATTTAAGCCGGTCATACTGTCGTCCGATGGAAAATGGTGTATGGGCGACGGCGGTGGAAAATGAATTTGGGCCTTACACACCTTGTGCAACCGATTCTATGGTTACTGGCATCTCCCATTTGGTTCTCTTGGAAATCTGCATATGCCGATTAAGGGTGACAACGAAGAATTTAAAAGTGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3462 bp · LXL04_003012|LXL04_003012|OH1004|CDS

ATGCATGATGGACATGGAACCCTAAATCAAAATCTACCTACCGCAATCAAAACAGATCGTCAAATTCAGATTTGGTTCAATTTAAGCCGGTCATACTGTCGTCCGATGGAAAATGGTGTATGGGCGACGGCGGTGGAAAATGAATTTGGGCCTTACACACCTTGTGCAACCGATTCTATGGTTACTGGCATCTCCCATTTGGTTCTCTTGGAAATCTGCATATGCCGATTAAGGGTGACAACGAAGAATTTAAAAGTGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1153 aa · LXL04_003012|LXL04_003012|OH1004|PROTEIN

MHDGHGTLNQNLPTAIKTDRQIQIWFNLSRSYCRPMENGVWATAVENEFGPYTPCATDSMVTGISHLVLLEICICRLRVTTKNLKVQRFKLRSKIYNYLLGLLALFSTVEPLIRLIMGISVFNVDGETGLAPYEVCFFLIDLIACLNIDWLEQEPAGDHSNKIDSALLEKLYDEMISDAIELDGQLLNPRTSTVVSLILQLGNLGRAEEAEAIFEEIKEGGVIPRTRAYNAVYVKNGNLKDAESIVTEMERKGVSRPYIQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_003012
TK1151 IDTkA01G404600
OH-1004 IDLXL04_003012
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 35.644 / OH-1004 24.978
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_003012
位置Chr01:64961658-64968634 (-)
描述Similar to At5g02860: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g02860 含五肽重复的蛋白 At5g02860。 暂无已核实直接文献
At2g18940 含五肽重复序列蛋白 At2g18940，叶绿体定位。 暂无已核实直接文献
At1g74850 参与质体基因表达。
pTAC2, -6, and -12 are components of the transcriptionally active plastid chromosome that are required for plastid gene expression.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.036392

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: Q76C99 降低与细胞质雄性不育(CMS)相关的线粒体基因ORF79的表达，该基因编码一种细胞毒性肽。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003012 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0042802 identical protein binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G18940
ath:AT5G02860
zma:100302579
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.635
排名 1 · LXL04_003012 · OH-1004
线粒体0.266
排名 2 · LXL04_003012 · OH-1004
细胞核0.064
排名 3 · LXL04_003012 · OH-1004
细胞质0.033
排名 4 · LXL04_003012 · OH-1004
细胞膜0.013
排名 5 · LXL04_003012 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276.3TPR_24510-639 aa
PF13041.13PPR_2514-555 aa
PF13812.13PPR_3529-591 aa
PF29070.1MSC6_N535-625 aa
PF12854.14PPR_1539-570 aa
PF13041.13PPR_2542-588 aa
PF01535.27PPR545-574 aa
PF13041.13PPR_2579-624 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_003012PF23276.3TPR_245106397.1e-46156.1
LXL04_003012PF13041.13PPR_25145552.5e-141460.4
LXL04_003012PF13812.13PPR_35295914e-127415.1
LXL04_003012PF29070.1MSC6_N5356252.7e-57195.3
LXL04_003012PF12854.14PPR_15395702.7e-109357.3
LXL04_003012PF13041.13PPR_25425882.5e-141460.4
LXL04_003012PF01535.27PPR5455749.4e-116371.0
LXL04_003012PF13041.13PPR_25796242.5e-141460.4
LXL04_003012PF13812.13PPR_36006604e-127415.1
LXL04_003012PF17177.11PPR_long6007351.1e-50172.7
LXL04_003012PF12854.14PPR_16096412.7e-109357.3
LXL04_003012PF01535.27PPR6156459.4e-116371.0
LXL04_003012PF13041.13PPR_26236572.5e-141460.4
LXL04_003012PF13812.13PPR_36356954e-127415.1
LXL04_003012PF12854.14PPR_16446762.7e-109357.3
LXL04_003012PF13041.13PPR_26476912.5e-141460.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LYZ9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0286062.182%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O64624拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g18940, chloroplastic41.667%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9S7Q2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic27.544%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q76C99水稻Protein Rf1, mitochondrial26.325%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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