LXL04_002960 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002960

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 62649733-62652006 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

543 bp · LXL04_002960|LXL04_002960|OH1004|cDNA

ATGCAGAGCCAAATCGTATGCAGCGGTTGTCGGAGCATATTGCTTTATCCAAGAGGAGCTTCTAATGTGTGCTGTGCATTGTGTAATGCCGTTACCTCGGTTCCTCCTCCCGGCATGGAAATGGACCAACTTATTTGTGGAGGTTGCCGCACATTGCTAATGTACACACGTGGTGCTACAAGTGTCAGATGTTCCTGTTGTCATACAGTCAATCTTGCACCAGTTTCTAACCAAGTTGCTCAAGTAAGTTGTGGAAATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

543 bp · LXL04_002960|LXL04_002960|OH1004|CDS

ATGCAGAGCCAAATCGTATGCAGCGGTTGTCGGAGCATATTGCTTTATCCAAGAGGAGCTTCTAATGTGTGCTGTGCATTGTGTAATGCCGTTACCTCGGTTCCTCCTCCCGGCATGGAAATGGACCAACTTATTTGTGGAGGTTGCCGCACATTGCTAATGTACACACGTGGTGCTACAAGTGTCAGATGTTCCTGTTGTCATACAGTCAATCTTGCACCAGTTTCTAACCAAGTTGCTCAAGTAAGTTGTGGAAATTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

180 aa · LXL04_002960|LXL04_002960|OH1004|PROTEIN

MQSQIVCSGCRSILLYPRGASNVCCALCNAVTSVPPPGMEMDQLICGGCRTLLMYTRGATSVRCSCCHTVNLAPVSNQVAQVSCGNCRTMLMYPFGAPSVKCAICHYITNVNTSNGRVPVPMRPNGTTTTSGSLPPVSTAMPHSHNQTVVVENPMSVDESGKLVSNVVVGVTTEKKKAIK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002960`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002960

位置 Chr01:62649733-62652006 (+)

描述 Similar to LOL3: Protein LOL3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g20380`	活性氧诱导的细胞死亡、冷应激诱导的细胞死亡、病原体诱导的过敏反应、基础抗病性的负调节剂。	The Arabidopsis LSD1 gene plays an important role in the regulation of low temperature-dependent cell death.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03275.x
`At1g32540`	活性氧诱导的细胞死亡的正调节剂。	Antagonistic control of oxidative stress-induced cell death in Arabidopsis by two related, plant-specific zinc finger proteins.2003 · DOI: 10.1073/pnas.1130421100

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0639600`	推测的锌指蛋白，可能参与程序性细胞死亡和防御反应。	暂无已核实直接文献
`Os12g0611000`	推测的锌指蛋白，可能参与程序性细胞死亡和防御反应。	暂无已核实直接文献
`Os08g0159500`	程序性细胞死亡和超敏反应（HR）的负调控因子。	OsLSD1, a rice zinc finger protein, regulates programmed cell death and callus differentiation.2005 · DOI: 10.1094/mpmi-18-0375

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002960 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000303 response to superoxide 生物过程

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0002240 response to molecule of oomycetes origin 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009862 systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010104 regulation of ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010310 regulation of hydrogen peroxide metabolic process 生物过程

GO:0010602 regulation of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate metabolic process 生物过程

GO:0010618 aerenchyma formation 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0034051 negative regulation of plant-type hypersensitive response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32540

ath:AT4G20380

dosa:Os03g0639600

dosa:Os08g0159500

dosa:Os12g0611000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.561

排名 1 · LXL04_002960 · OH-1004

细胞核0.490

排名 2 · LXL04_002960 · OH-1004

细胞膜0.109

排名 3 · LXL04_002960 · OH-1004

溶酶体／液泡0.055

排名 4 · LXL04_002960 · OH-1004

内质网0.047

排名 5 · LXL04_002960 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06943.18zf-LSD17-31 aa

PF06943.18zf-LSD146-70 aa

PF06943.18zf-LSD184-108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002960	`PF06943.18`	zf-LSD1	7	31	9.7e-40	134.8
LXL04_002960	`PF06943.18`	zf-LSD1	46	70	9.7e-40	134.8
LXL04_002960	`PF06943.18`	zf-LSD1	84	108	9.7e-40	134.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P94077`	拟南芥	Protein LSD1	63.298%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93ZB1`	拟南芥	Protein LOL1	70.796%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6ASS2`	水稻	Protein LOL3	62.766%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q2QMB3`	水稻	Protein LOL2	64.045%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0J7V9`	水稻	Protein LSD1	66.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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