RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_002884
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 60263604-60266676 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1455 bp · LXL04_002884|LXL04_002884|OH1004|cDNA

ATGAGGTTCTTCAACCTTATGGGGAACTCCTTTGGGTGCTCGGCATCTGGAGAACGCCTTGTTTCGGCTGCAAGAGATGGCGATGTTCAAGAAGCCAAAGCCTTGCTCGAATATAACCCTCGACTTGCTAAATACTCAACTTTTGGTGTTCGGAATTCCCCCCTTCATTACTCTGCTGCCCAAGGTCACCATGAGATTGTTTCGCTCTTGATTGAATCTGGCGTTGATATCAACCTCAGGAATTATCGTGGCCAGACTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1455 bp · LXL04_002884|LXL04_002884|OH1004|CDS

ATGAGGTTCTTCAACCTTATGGGGAACTCCTTTGGGTGCTCGGCATCTGGAGAACGCCTTGTTTCGGCTGCAAGAGATGGCGATGTTCAAGAAGCCAAAGCCTTGCTCGAATATAACCCTCGACTTGCTAAATACTCAACTTTTGGTGTTCGGAATTCCCCCCTTCATTACTCTGCTGCCCAAGGTCACCATGAGATTGTTTCGCTCTTGATTGAATCTGGCGTTGATATCAACCTCAGGAATTATCGTGGCCAGACTGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

484 aa · LXL04_002884|LXL04_002884|OH1004|PROTEIN

MRFFNLMGNSFGCSASGERLVSAARDGDVQEAKALLEYNPRLAKYSTFGVRNSPLHYSAAQGHHEIVSLLIESGVDINLRNYRGQTALMQACQYGHWEVVLTLVLYKANIHKADYLNGGTALHLAALNGQSRCIRILHADYIPSVPNFLELVNGKSRIEEFVCESNEGSLYKTINRAADGGVTALHMAALNGHFDSVHLLIDLGASVTEVTVEDGTTIDLIGAGSTPLHYAACGGNAQCCQILIAKGASLTAQNAKGWTP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_002884
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_002884
位置Chr01:60263604-60266676 (-)
描述Similar to XBOS32: Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS32
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g57740 E3 泛素蛋白连接酶，介导 ACC 合酶 泛素化。
The ubiquitin ligase XBAT32 regulates lateral root development in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02266.x
Arabidopsis RING E3 ligase XBAT32 regulates lateral root production through its role in ethylene biosynthesis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.156976
At5g07270 当与E2酶UBC8在体外结合时，具有E3泛素-蛋白连接酶活性。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0791200 可能的E3泛素-蛋白连接酶XBOS32。 暂无已核实直接文献
Os08g0258200 可能的E3泛素蛋白连接酶XBOS35。 暂无已核实直接文献
Os10g0521600 可能的 E3 泛素蛋白连接酶 XBOS33。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002884 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0010311 lateral root formation 生物过程
GO:0010366 negative regulation of ethylene biosynthetic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G07270
ath:AT5G57740
dosa:Os02g0791200
dosa:Os08g0258200
dosa:Os10g0521600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.542
排名 1 · LXL04_002884 · OH-1004
细胞核0.316
排名 2 · LXL04_002884 · OH-1004
细胞膜0.169
排名 3 · LXL04_002884 · OH-1004
高尔基体0.097
排名 4 · LXL04_002884 · OH-1004
线粒体0.088
排名 5 · LXL04_002884 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_221-113 aa
PF00023.37Ank52-81 aa
PF13606.13Ank_352-78 aa
PF13637.13Ank_455-103 aa
PF13857.13Ank_570-108 aa
PF12796.14Ank_284-138 aa
PF00023.37Ank84-114 aa
PF13606.13Ank_384-111 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_002884PF12796.14Ank_2211131.4e-39135.2
LXL04_002884PF00023.37Ank52815.9e-36121.2
LXL04_002884PF13606.13Ank_352784e-2791.7
LXL04_002884PF13637.13Ank_4551033e-2898.0
LXL04_002884PF13857.13Ank_5701082e-2795.7
LXL04_002884PF12796.14Ank_2841381.4e-39135.2
LXL04_002884PF00023.37Ank841145.9e-36121.2
LXL04_002884PF13606.13Ank_3841114e-2791.7
LXL04_002884PF13637.13Ank_4881383e-2898.0
LXL04_002884PF12796.14Ank_21092081.4e-39135.2
LXL04_002884PF13637.13Ank_41742013e-2898.0
LXL04_002884PF13857.13Ank_51752202e-2795.7
LXL04_002884PF00023.37Ank1812095.9e-36121.2
LXL04_002884PF13606.13Ank_31812074e-2791.7
LXL04_002884PF13637.13Ank_41852443e-2898.0
LXL04_002884PF12796.14Ank_22232701.4e-39135.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q6NLQ8拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase XBAT3261.702%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q4FE45拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase XBAT3351.634%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q6KAE5水稻Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS3261.179%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q7EZ44水稻Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS3562.245%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q337A0水稻Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS3352.155%Swiss-Prot强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看