LXL04_002875 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002875

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 60056206-60058134 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1119 bp · LXL04_002875|LXL04_002875|OH1004|cDNA

ATGGCTTGGCTAGAGTTTTACAAGCCACTAATAGTTATGGTGGTGTTGCAATTTACGTATGGAGCGGTCTCCATATTAACTAGAGCTTCTCTCTTGGAAGGAATGAATCCTAGAGTTTTTGTCGTCTATAGACAAGTTATTGCTGCTTTAGTCATTGCTCCTGTTGCTTTCTTTTCGAGGAGCAAAACGAAATGTTCCATTGGATGGAAGAGCTTTTCATTGATCTTTATTGCGGCTTTGATCGGAATAACCACTAGCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1119 bp · LXL04_002875|LXL04_002875|OH1004|CDS

ATGGCTTGGCTAGAGTTTTACAAGCCACTAATAGTTATGGTGGTGTTGCAATTTACGTATGGAGCGGTCTCCATATTAACTAGAGCTTCTCTCTTGGAAGGAATGAATCCTAGAGTTTTTGTCGTCTATAGACAAGTTATTGCTGCTTTAGTCATTGCTCCTGTTGCTTTCTTTTCGAGGAGCAAAACGAAATGTTCCATTGGATGGAAGAGCTTTTCATTGATCTTTATTGCGGCTTTGATCGGAATAACCACTAGCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

372 aa · LXL04_002875|LXL04_002875|OH1004|PROTEIN

MAWLEFYKPLIVMVVLQFTYGAVSILTRASLLEGMNPRVFVVYRQVIAALVIAPVAFFSRSKTKCSIGWKSFSLIFIAALIGITTSQMIFLEGLYLASSSAGSAMFNLVPAITFVAAAIVGYEPINIRSLRTVAKILGTLMCVTGAATMALIKGHKLLNAPLPSSNSLLLNSTESDNLWLLGCLCLFGSSCCWSFWLIIQVPVTRNYPDHLSLSAWMCFIATVQSAMVTLFTDPDLEAWKVTSYLQLGSLLYAGIVGSGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002875`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002875

位置 Chr01:60056206-60058134 (-)

描述 Similar to At4g30420: WAT1-related protein At4g30420

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30420`	与WAT1相关的蛋白质 At4g30420。	暂无已核实直接文献
`At4g28040`	WAT1相关蛋白At4g28040。	暂无已核实直接文献
`At3g18200`	WAT1相关蛋白 At3g18200。	暂无已核实直接文献
`At1g75500`	纤维次生壁形成所需，特别是在短日照条件下。	Walls are thin 1 (WAT1), an Arabidopsis homolog of Medicago truncatula NODULIN21, is a tonoplast-localized protein required for secondary wall formation in fibers.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04256.x Light-regulated compensation of wat1 (walls are thin1) growth and secondary cell wall phenotypes is auxin-independent.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.10.13103 Arabidopsis wat1 (walls are thin1)-mediated resistance to the bacterial vascular pathogen, Ralstonia solanacearum, is accompanied by cross-regulation of salicylic acid and tryptophan metabolism.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12027

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002875 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000162 L-tryptophan biosynthetic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009851 auxin biosynthetic process 生物过程

GO:0010315 auxin export across the plasma membrane 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0090355 positive regulation of auxin metabolic process 生物过程

GO:0090358 positive regulation of L-tryptophan metabolic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75500

ath:AT3G18200

ath:AT4G28040

ath:AT4G30420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.400

排名 1 · LXL04_002875 · OH-1004

溶酶体／液泡0.258

排名 2 · LXL04_002875 · OH-1004

内质网0.182

排名 3 · LXL04_002875 · OH-1004

高尔基体0.080

排名 4 · LXL04_002875 · OH-1004

细胞质0.072

排名 5 · LXL04_002875 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00892.27EamA10-146 aa

PF00892.27EamA181-319 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002875	`PF00892.27`	EamA	10	146	7.8e-25	88.4
LXL04_002875	`PF00892.27`	EamA	181	319	7.8e-25	88.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0B8`	拟南芥	WAT1-related protein At4g30420	47.967%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SUD5`	拟南芥	WAT1-related protein At4g28040	45.652%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LV20`	拟南芥	WAT1-related protein At3g18200	37.752%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94AP3`	拟南芥	Protein WALLS ARE THIN 1	38.292%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情