LXL04_002830 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002830

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 59092229-59095896 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1480 bp · LXL04_002830|LXL04_002830|OH1004|cDNA

CACTTGCCAGTTCCCACCTGCCTCAATTGTATATAAATACACGCACCGAACGGAGGAACATGTGTGCTCTCAAAACCAAATCTTCGTTCTCCCCCCTAATCACACACATTTGTTGTGTGTAATTTCTTAAAGCCCGCCTCCATTTCCCCTCAGTTTCACCATGGGTAATGAtcaaaagatgatgatgaagatcAACATAAAGAAATCATCCATCATTCCTCCTTCAGAAGCTATACCAGAATGTCCTAAGCAGCTATGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1320 bp · LXL04_002830|LXL04_002830|OH1004|CDS

ATGGGTAATGATCAAAAGATGATGATGAAGATCAACATAAAGAAATCATCCATCATTCCTCCTTCAGAAGCTATACCAGAATGTCCTAAGCAGCTATGGACCTCCAATTTGGACTTAGTTGTTGGTAGGATCCATATTCTCACTGTTTATTTCTACAGACCAAATGGATCTGCGAATTTCTTCGATCCAAACGCTATGAAAAAGGCGCTCGCCGATGTACTCGTCTCCTTCTATCCGATGGCAGGGCGATTGGATAGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

439 aa · LXL04_002830|LXL04_002830|OH1004|PROTEIN

MGNDQKMMMKINIKKSSIIPPSEAIPECPKQLWTSNLDLVVGRIHILTVYFYRPNGSANFFDPNAMKKALADVLVSFYPMAGRLDRDESGRIVINCNGEGVLFVEAESDSTLDDFGEFTPSPEFRSLTPTVDYSGDISSYPLFFAQVTHFKCGGVALGCGVFHTLSDGLSSLHFINTWSDMARGLSMGIPPFVERTLLRAREPPTPIYDHVEYHKPPSMSPTVQKPGSGSSTTMLKLTLDQLNTLKVKAKTESGQTHSTY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002830`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002830

位置 Chr01:59092229-59095896 (-)

描述 Similar to HST: Shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48930`	参与木质素生物合成的酰基转移酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0500700`	羟基肉桂酰基转移酶，催化从对羟基肉桂酰辅酶A向各种酰基受体的酰基转移。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002830 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程

GO:0009963 positive regulation of flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016747 acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups 分子功能

GO:0047172 shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase activity 分子功能

GO:0047205 quinate O-hydroxycinnamoyltransferase activity 分子功能

GO:0050266 rosmarinate synthase activity 分子功能

GO:0050734 hydroxycinnamoyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:QDC27803

ath:AT5G48930

dosa:Os04g0500700

nta:107796658

osa:4336306

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.694

排名 1 · LXL04_002830 · OH-1004

细胞核0.243

排名 2 · LXL04_002830 · OH-1004

内质网0.102

排名 3 · LXL04_002830 · OH-1004

细胞膜0.082

排名 4 · LXL04_002830 · OH-1004

质体0.063

排名 5 · LXL04_002830 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02458.21Transferase9-434 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002830	`PF02458.21`	Transferase	9	434	1.9e-106	357.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FI78`	拟南芥	Shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase	58.028%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JBZ8`	水稻	Hydroxycinnamoyltransferase 1	52.584%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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