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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_002782
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 58214598-58222039 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4917 bp · LXL04_002782|LXL04_002782|OH1004|cDNA

ATGGGGAACATTAGCGAGAACATTAATGTCACGGGAGGACTGGAAGCTATGTCGATCAGTAACCCAATTTTAAACGGGGGGAACGAAGAAGACGAGGGATCGGCTATGTCAGAAATCCAATTGCAGACAACCGGGAAGGATCCGAGGAGAATCGCGAGAGGGTACCAAATTGAGTTATGTGAAAAGGCTTTAATGGAGAACGTTATAGTGTATCTAGAAACAGGCTGTGGAAAGACTCACATTGCTGTTTTACTTATCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

4917 bp · LXL04_002782|LXL04_002782|OH1004|CDS

ATGGGGAACATTAGCGAGAACATTAATGTCACGGGAGGACTGGAAGCTATGTCGATCAGTAACCCAATTTTAAACGGGGGGAACGAAGAAGACGAGGGATCGGCTATGTCAGAAATCCAATTGCAGACAACCGGGAAGGATCCGAGGAGAATCGCGAGAGGGTACCAAATTGAGTTATGTGAAAAGGCTTTAATGGAGAACGTTATAGTGTATCTAGAAACAGGCTGTGGAAAGACTCACATTGCTGTTTTACTTATCTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1638 aa · LXL04_002782|LXL04_002782|OH1004|PROTEIN

MGNISENINVTGGLEAMSISNPILNGGNEEDEGSAMSEIQLQTTGKDPRRIARGYQIELCEKALMENVIVYLETGCGKTHIAVLLIYEINRQMKKSQKEICIFLAPTVALVEQQAKVIKDSIDVEVGIYCGSSKGLKGHHDWEKELEQHEVFVMTPQILLHNLSHCYIRMEHIALLIFDECHYAQVESNHPYAEIMKIFYKPGIPKLPRIFGMTASPIFGKGASISSLETLLHAKVYTVEAREELDKFVSSPKLRFYYYG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_002782
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_002782
位置Chr01:58214598-58222039 (+)
描述Similar to DCL4: Dicer-like protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g20320 核糖核酸酶 III 参与 RNA 介导的转录后基因沉默。
Partially redundant functions of Arabidopsis DICER-like enzymes and a role for DCL4 in producing trans-acting siRNAs.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.07.024
DICER-LIKE 4 functions in trans-acting small interfering RNA biogenesis and vegetative phase change in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0506426102
A pathway for the biogenesis of trans-acting siRNAs in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1101/gad.1352605
DICER-LIKE 4 is required for RNA interference and produces the 21-nucleotide small interfering RNA component of the plant cell-to-cell silencing signal.2005 · DOI: 10.1038/ng1675
DRB4-dependent TAS3 trans-acting siRNAs control leaf morphology through AGO7.2006 · DOI: 10.1016/j.cub.2006.03.035
An antagonistic function for Arabidopsis DCL2 in development and a new function for DCL4 in generating viral siRNAs.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601217
Suppression of antiviral silencing by cucumber mosaic virus 2b protein in Arabidopsis is associated with drastically reduced accumulation of three classes of viral small interfering RNAs.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047449
Transitivity in Arabidopsis can be primed, requires the redundant action of the antiviral Dicer-like 4 and Dicer-like 2, and is compromised by viral-encoded suppressor proteins.2007 · DOI: 10.1261/rna.541307
A novel class of bacteria-induced small RNAs in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1101/gad.1595107
Arabidopsis DRB4, AGO1, AGO7, and RDR6 participate in a DCL4-initiated antiviral RNA silencing pathway negatively regulated by DCL1.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0805760105
At3g03300 核糖核酸酶（RNase）III，参与 RNA 介导的转录后基因沉默（PTGS）。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0509300 参与 RNA 沉默途径。
The small interfering RNA production pathway is required for shoot meristem initiation in rice.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0704339104
Oryza sativa dicer-like4 reveals a key role for small interfering RNA silencing in plant development.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052209
Os01g0909200 可能参与RNA沉默途径。 暂无已核实直接文献
Os10g0485600 可能参与RNA沉默途径。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002782 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程
GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程
GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程
GO:0009944 polarity specification of adaxial/abaxial axis 生物过程
GO:0010050 vegetative phase change 生物过程
GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程
GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程
GO:0010599 lsiRNA processing 生物过程
GO:0030422 siRNA processing 生物过程
GO:0044027 negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation 生物过程
GO:0048608 reproductive structure development 生物过程
GO:0051214 RNAi-mediated antiviral immunity against RNA virus 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G03300
ath:AT5G20320
dosa:Os01g0909200
dosa:Os04g0509300
dosa:Os10g0485600
osa:4324864
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.764
排名 1 · LXL04_002782 · OH-1004
细胞质0.261
排名 2 · LXL04_002782 · OH-1004
细胞膜0.048
排名 3 · LXL04_002782 · OH-1004
内质网0.028
排名 4 · LXL04_002782 · OH-1004
线粒体0.025
排名 5 · LXL04_002782 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851.22ResIII53-218 aa
PF00270.36DEAD55-217 aa
PF00271.38Helicase_C399-516 aa
PF03368.20Dicer_dimer583-667 aa
PF14622.12Ribonucleas_3_31039-1097 aa
PF00636.32Ribonuclease_31040-1172 aa
PF14622.12Ribonucleas_3_31227-1360 aa
PF00636.32Ribonuclease_31248-1358 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_002782PF04851.22ResIII532181.5e-1661.4
LXL04_002782PF00270.36DEAD552172.6e-2073.5
LXL04_002782PF00271.38Helicase_C3995162.8e-1866.9
LXL04_002782PF03368.20Dicer_dimer5836676.6e-2587.7
LXL04_002782PF14622.12Ribonucleas_3_3103910973.6e-2899.0
LXL04_002782PF00636.32Ribonuclease_3104011728.9e-40136.3
LXL04_002782PF14622.12Ribonucleas_3_3122713603.6e-2899.0
LXL04_002782PF00636.32Ribonuclease_3124813588.9e-40136.3
LXL04_002782PF00035.33dsrm138514479.2e-1349.3
LXL04_002782PF14709.14DND1_DSRM155616313.3e-1660.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P84634拟南芥Dicer-like protein 451.358%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q3EBC8拟南芥Endoribonuclease Dicer homolog 233.104%Swiss-Prot中等数据库同源证据
A7LFZ6水稻Endoribonuclease Dicer homolog 447.226%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q5N870水稻Endoribonuclease Dicer homolog 3a33.411%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q7XD96水稻Endoribonuclease Dicer homolog 3b31.390%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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