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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_002771
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 57984346-57989723 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

555 bp · LXL04_002771|LXL04_002771|OH1004|cDNA

ATGGCTGGTAAGATACCTGGAGTCGAAATCGCTCGGCGGAGGAGGTTCGGTGGGTGGTCTGATAATCCGTCGTTTCTCATCAACTCTGCTTTTGGGTCTGCACGAAGCAGAGTTTTTTACCATAGCCATCTCACCTCCACTTCTTTCTCGCAAAGAAGATCAGATGAAGATGAGAAGCTTGGAGGTGTAGCCAGAAAAGCCAAACATAGACTTGATGAGAAGCTCAGAGGCCACTGTAAATCAGAAATCGACAGCCAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

555 bp · LXL04_002771|LXL04_002771|OH1004|CDS

ATGGCTGGTAAGATACCTGGAGTCGAAATCGCTCGGCGGAGGAGGTTCGGTGGGTGGTCTGATAATCCGTCGTTTCTCATCAACTCTGCTTTTGGGTCTGCACGAAGCAGAGTTTTTTACCATAGCCATCTCACCTCCACTTCTTTCTCGCAAAGAAGATCAGATGAAGATGAGAAGCTTGGAGGTGTAGCCAGAAAAGCCAAACATAGACTTGATGAGAAGCTCAGAGGCCACTGTAAATCAGAAATCGACAGCCAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

184 aa · LXL04_002771|LXL04_002771|OH1004|PROTEIN

MAGKIPGVEIARRRRFGGWSDNPSFLINSAFGSARSRVFYHSHLTSTSFSQRRSDEDEKLGGVARKAKHRLDEKLRGHCKSEIDSQERSEIGTKSSACMVVGDRQMEVFGLKKNGSKRFSWGRLWLNWKSSNQEECAVCLEKFKFSEKVTRMPCAHKFHSICLLPWLKSHAHCPCCRTSVLGST

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_002771
TK1151 IDTkA01G422060
OH-1004 IDLXL04_002771
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_002771
位置Chr01:57984346-57989723 (-)
描述Similar to RHY1A: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHY1A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g49850 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At3g19950 E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0488800 在体外具有E3泛素-蛋白连接酶活性。
Molecular dissection of Oryza sativa salt-induced RING Finger Protein 1 (OsSIRP1): possible involvement in the sensitivity response to salinity stress.2016 · DOI: 10.1111/ppl.12459
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002771 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0034122 negative regulation of toll-like receptor signaling pathway 生物过程
GO:0034123 positive regulation of toll-like receptor signaling pathway 生物过程
GO:0034142 toll-like receptor 4 signaling pathway 生物过程
GO:0042059 negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway 生物过程
GO:0043162 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G49850
ath:AT3G19950
dme:Dmel_CG11982
dosa:Os05g0488800
mmu:67845
osa:4339152
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.591
排名 1 · LXL04_002771 · OH-1004
细胞质0.315
排名 2 · LXL04_002771 · OH-1004
细胞膜0.122
排名 3 · LXL04_002771 · OH-1004
内质网0.057
排名 4 · LXL04_002771 · OH-1004
线粒体0.045
排名 5 · LXL04_002771 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2135-177 aa
PF17123.12zf-RING_11135-163 aa
PF13923.13zf-C3HC4_2135-176 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_002771PF13639.13zf-RING_21351772.7e-1247.5
LXL04_002771PF17123.12zf-RING_111351632.4e-0937.4
LXL04_002771PF13923.13zf-C3HC4_21351768.2e-0832.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q852U6拟南芥Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHY1A31.884%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8LPN7拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like51.064%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q6AVN2水稻E3 ubiquitin-protein ligase SIRP152.381%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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