LXL04_002676 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002676

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 54452579-54454894 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2316 bp · LXL04_002676|LXL04_002676|OH1004|cDNA

ATGAGTGAAAGTTTCTGCACTCCAATAATGATTGCCCGCCAATTGATATTCAAATGCATCCACCCTAAAAGAGTAGCAAACTTCCATTCGTTTCAAGATGGGCACCAACTGTTCGTTCAAATTCCTCAGCCAAACCTCGGCTATCTCCACGACTCCATGCTTGATCTATTGCACCAAAACCGACCATTCCAAGCTCTCGATATTTTCAAGAAACAGATTCGGGAAGTGGGCGTTACTCATGTCGATGAAGTTTCTACTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2316 bp · LXL04_002676|LXL04_002676|OH1004|CDS

ATGAGTGAAAGTTTCTGCACTCCAATAATGATTGCCCGCCAATTGATATTCAAATGCATCCACCCTAAAAGAGTAGCAAACTTCCATTCGTTTCAAGATGGGCACCAACTGTTCGTTCAAATTCCTCAGCCAAACCTCGGCTATCTCCACGACTCCATGCTTGATCTATTGCACCAAAACCGACCATTCCAAGCTCTCGATATTTTCAAGAAACAGATTCGGGAAGTGGGCGTTACTCATGTCGATGAAGTTTCTACTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

771 aa · LXL04_002676|LXL04_002676|OH1004|PROTEIN

MSESFCTPIMIARQLIFKCIHPKRVANFHSFQDGHQLFVQIPQPNLGYLHDSMLDLLHQNRPFQALDIFKKQIREVGVTHVDEVSTALATKACRGDPKLGCQIHGFALTSGLDSFLSVSNSLMHMYSKSGQLDRAMVIFEKLTNPGIVSFNTLLSGTNNSTDALNFACRMNHIGVTFDAVTYTSALAHSADCEEFLFGTQLHSLLLKSGMQSEGFIANALITLYSKWEQIVNAEKVFDEMPQKDLVSWNAMLSGYSQEGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002676`
TK1151 ID	TkA01G430880
OH-1004 ID	LXL04_002676
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002676

位置 Chr01:54452579-54454894 (-)

描述 Similar to PCMP-E40: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32430, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32430`	含五肽重复序列蛋白 At4g32430，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At2g27610`	含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27610。	暂无已核实直接文献
`At4g39530`	含五聚肽重复序列的蛋白At4g39530。	暂无已核实直接文献
`At1g11290`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
`At3g25970`	推定的含五重复肽重复的蛋白At3g25970。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002676 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:1905639 positive regulation of mitochondrial mRNA catabolic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G27610

ath:AT4G32430

ath:AT4G39530

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.733

排名 1 · LXL04_002676 · OH-1004

质体0.128

排名 2 · LXL04_002676 · OH-1004

细胞核0.051

排名 3 · LXL04_002676 · OH-1004

细胞质0.031

排名 4 · LXL04_002676 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_002676 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2244-287 aa

PF13041.13PPR_2346-386 aa

PF29070.1MSC6_N363-489 aa

PF13041.13PPR_2443-485 aa

PF29070.1MSC6_N536-636 aa

PF13041.13PPR_2542-589 aa

PF01535.27PPR544-571 aa

PF13812.13PPR_3565-625 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002676	`PF13041.13`	PPR_2	244	287	1.3e-52	176.4
LXL04_002676	`PF13041.13`	PPR_2	346	386	1.3e-52	176.4
LXL04_002676	`PF29070.1`	MSC6_N	363	489	1.3e-19	71.3
LXL04_002676	`PF13041.13`	PPR_2	443	485	1.3e-52	176.4
LXL04_002676	`PF29070.1`	MSC6_N	536	636	1.3e-19	71.3
LXL04_002676	`PF13041.13`	PPR_2	542	589	1.3e-52	176.4
LXL04_002676	`PF01535.27`	PPR	544	571	6.8e-51	167.7
LXL04_002676	`PF13812.13`	PPR_3	565	625	1.2e-17	64.4
LXL04_002676	`PF01535.27`	PPR	579	607	6.8e-51	167.7
LXL04_002676	`PF20431.5`	E_motif	659	721	7.1e-20	71.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84MA3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32430, mitochondrial	49.728%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZUW3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610	31.714%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SVA5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39530	31.878%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3E6Q1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic	31.304%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LU94`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g25970	30.963%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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