LXL04_002546 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002546

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 51364040-51369043 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1740 bp · LXL04_002546|LXL04_002546|OH1004|cDNA

ATGGCCACGGTGGCCAAATTTCACATGGTTCCGGCTGTCTTCCACCACAGAACCACCCAACTGGGCTTCTGCCGGACCTCAGTCTCGTGGGACTCAATTCCGCCGCTTTCTCGACGGAGGGTGTTTCTGCAGCCGTGTAGGTCGTTTAGAACCGAAAATGGAGGTGCAAAAGATAATAAAAGTACGAAGAAGCTAGCGAATtctgataaaaataaaagaaaaaatttACTGGGAGCTATCAAATCTTTCATCTTTTCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1740 bp · LXL04_002546|LXL04_002546|OH1004|CDS

ATGGCCACGGTGGCCAAATTTCACATGGTTCCGGCTGTCTTCCACCACAGAACCACCCAACTGGGCTTCTGCCGGACCTCAGTCTCGTGGGACTCAATTCCGCCGCTTTCTCGACGGAGGGTGTTTCTGCAGCCGTGTAGGTCGTTTAGAACCGAAAATGGAGGTGCAAAAGATAATAAAAGTACGAAGAAGCTAGCGAATTCTGATAAAAATAAAAGAAAAAATTTACTGGGAGCTATCAAATCTTTCATCTTTTCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

579 aa · LXL04_002546|LXL04_002546|OH1004|PROTEIN

MATVAKFHMVPAVFHHRTTQLGFCRTSVSWDSIPPLSRRRVFLQPCRSFRTENGGAKDNKSTKKLANSDKNKRKNLLGAIKSFIFSKDNSMEKLEENLSKIALHLGRYIVTMMSTGVILVIGFNLSGGDGQMNDLIWYSWVGGIIIGTMIGSNMVLDEVSRAGPRNVVITGSTRGLGKALAREFLLSGDRVVIASRSEESVDMTIKELEENLQEGIATAPSSCRKNLAHAKVVGTSCDVCDPNDVRNLANFAVNELGSID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002546`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002546

位置 Chr01:51364040-51369043 (+)

描述 Similar to NYC1: Probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13250`	参与叶绿素 b 降解。	Participation of chlorophyll b reductase in the initial step of the degradation of light-harvesting chlorophyll a/b-protein complexes in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1074/jbc.m109.008912
`At5g04900`	叶绿素b降解所需。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0227100`	对正确的叶绿体降解所必需。	暂无已核实直接文献
`Os03g0654600`	叶绿素b降解所需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002546 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010304 PSII associated light-harvesting complex II catabolic process 生物过程

GO:0015996 chlorophyll catabolic process 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0034256 chlorophyll(ide) b reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G13250

ath:AT5G04900

dosa:Os01g0227100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.905

排名 1 · LXL04_002546 · OH-1004

线粒体0.071

排名 2 · LXL04_002546 · OH-1004

细胞核0.039

排名 3 · LXL04_002546 · OH-1004

细胞质0.031

排名 4 · LXL04_002546 · OH-1004

高尔基体0.017

排名 5 · LXL04_002546 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106.32adh_short166-285 aa

PF13561.13adh_short_C2173-286 aa

PF00106.32adh_short347-444 aa

PF13561.13adh_short_C2351-445 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002546	`PF00106.32`	adh_short	166	285	2.2e-32	112.8
LXL04_002546	`PF13561.13`	adh_short_C2	173	286	3.3e-20	73.4
LXL04_002546	`PF00106.32`	adh_short	347	444	2.2e-32	112.8
LXL04_002546	`PF13561.13`	adh_short_C2	351	445	3.3e-20	73.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZA0`	拟南芥	Probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic	83.796%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LEU3`	拟南芥	Chlorophyll(ide) b reductase NOL, chloroplastic	48.031%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5N800`	水稻	Probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic	73.432%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q84ST4`	水稻	Chlorophyll(ide) b reductase NOL, chloroplastic	44.275%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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