LXL04_002393 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002393

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 47719702-47725617 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2016 bp · LXL04_002393|LXL04_002393|OH1004|cDNA

ATGAATGATCCATCTAGTTTCTTACATGAATATCCATCTCACCATGTTCATACGATCTGCAACAATGGCGGTGCTGATCAATCCTCCAATGATAATCAATCTGTTTCCAACGTCGTCGCCAATGGATATCTATCTCACCTGCAGGAAATGAGTACAGTTCACTTGAATCTGAGCATATCGGAGCCTCTTACAAGGGGTACAGaaaTAAATCTCGAGCGCGCTTTTTTgttaaaattaattaatatttcGTATAAATGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2016 bp · LXL04_002393|LXL04_002393|OH1004|CDS

ATGAATGATCCATCTAGTTTCTTACATGAATATCCATCTCACCATGTTCATACGATCTGCAACAATGGCGGTGCTGATCAATCCTCCAATGATAATCAATCTGTTTCCAACGTCGTCGCCAATGGATATCTATCTCACCTGCAGGAAATGAGTACAGTTCACTTGAATCTGAGCATATCGGAGCCTCTTACAAGGGGTACAGAAATAAATCTCGAGCGCGCTTTTTTGTTAAAATTAATTAATATTTCGTATAAATGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

671 aa · LXL04_002393|LXL04_002393|OH1004|PROTEIN

MNDPSSFLHEYPSHHVHTICNNGGADQSSNDNQSVSNVVANGYLSHLQEMSTVHLNLSISEPLTRGTEINLERAFLLKLINISYKCEQWTSINGGDLVVKFYYGKKKMVWEFLYGSMKRKMEIRWAQVSAFNTTVEEDKNCRLEIELEEPPEYFKEGEFRPRKHTQWEKSNDFTQGQAPLCRYVLHHNKLYLKLEKLSPDFDLLEKVHEAAEELQMLIDEKSYHLVSATTKQKHMDDAAHEEEEEHSNETPRLKQSHTFE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002393`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002393

位置 Chr01:47719702-47725617 (-)

描述 Similar to ALMT4: Aluminum-activated malate transporter 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g25480`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g68600`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g17470`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g18440`	液泡苹果酸通道。	The Arabidopsis vacuolar malate channel is a member of the ALMT family.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03367.x
`At1g18420`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002393 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015743 malate transport 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0034220 monoatomic ion transmembrane transport 生物过程

GO:0071423 malate transmembrane transport 生物过程

GO:0090332 stomatal closure 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18420

ath:AT1G25480

ath:AT1G68600

ath:AT2G17470

ath:AT3G18440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.738

排名 1 · LXL04_002393 · OH-1004

细胞质0.320

排名 2 · LXL04_002393 · OH-1004

细胞膜0.062

排名 3 · LXL04_002393 · OH-1004

内质网0.045

排名 4 · LXL04_002393 · OH-1004

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · LXL04_002393 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24818.2PH_TRF2_HOY188-183 aa

PF11744.15ALMT193-343 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002393	`PF24818.2`	PH_TRF2_HOY1	88	183	2.8e-32	111.8
LXL04_002393	`PF11744.15`	ALMT	193	343	1.9e-19	70.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C6L8`	拟南芥	Aluminum-activated malate transporter 4	40.606%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q93Z29`	拟南芥	Aluminum-activated malate transporter 5	40.854%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SHM1`	拟南芥	Aluminum-activated malate transporter 6	42.073%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LS46`	拟南芥	Aluminum-activated malate transporter 9	38.764%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LPQ8`	拟南芥	Putative aluminum-activated malate transporter 3	36.683%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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