LXL04_002279 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002279

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 45188763-45190628 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1794 bp · LXL04_002279|LXL04_002279|OH1004|cDNA

ATGGAGCACTCCGCCTCCTTCAGCTTCAAGAAGTCACCAAGATCGTCGTCGTCGTCATCTTCCTCGCTCCTTCTGACGACAATCATTCCGGTAGCACTGCTTATCCTCCTCTCTTCTTTCTTATTCTCCACCTCCCACCACCCCCATACTCCATCACCGCCACCACTCATCCTCCAACCTCCGCCGTCATCACCACCACATCCATTCATCAAAAGCACCTGCATCAACACTCTCTATCCTTCTCTCTGTTTCAATACCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1794 bp · LXL04_002279|LXL04_002279|OH1004|CDS

ATGGAGCACTCCGCCTCCTTCAGCTTCAAGAAGTCACCAAGATCGTCGTCGTCGTCATCTTCCTCGCTCCTTCTGACGACAATCATTCCGGTAGCACTGCTTATCCTCCTCTCTTCTTTCTTATTCTCCACCTCCCACCACCCCCATACTCCATCACCGCCACCACTCATCCTCCAACCTCCGCCGTCATCACCACCACATCCATTCATCAAAAGCACCTGCATCAACACTCTCTATCCTTCTCTCTGTTTCAATACCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

597 aa · LXL04_002279|LXL04_002279|OH1004|PROTEIN

MEHSASFSFKKSPRSSSSSSSSLLLTTIIPVALLILLSSFLFSTSHHPHTPSPPPLILQPPPSSPPHPFIKSTCINTLYPSLCFNTLSSIPINSHHDNHTRMRNVLKFSIQKTIHRLAITRSRMASLNSKVRERNWVQNCLELLDLTQYELQESMNHLSPPFEDPPPYAAIKNLLSAAMTNENTCIEGFSDLKINELKQTRFGRLFQKSLTPIMRMISNCLAITNYLESIGSIYTFKDPRLMSKSISRDHVPSWMTAADR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002279`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002279

位置 Chr01:45188763-45190628 (+)

描述 Similar to Pectinesterase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g53830`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At3g14310`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	Pectin methylesterase is induced in Arabidopsis upon infection and is necessary for a successful colonization by necrotrophic pathogens.2011 · DOI: 10.1094/mpmi-07-10-0157 A mutation in the Arabidopsis thaliana cell wall biosynthesis gene pectin methylesterase 3 as well as its aberrant expression cause hypersensitivity specifically to Zn.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12279 Tuning of Pectin Methylesterification: PECTIN METHYLESTERASE INHIBITOR 7 MODULATES THE PROCESSIVE ACTIVITY OF CO-EXPRESSED PECTIN METHYLESTERASE 3 IN A pH-DEPENDENT MANNER.2015 · DOI: 10.1074/jbc.m115.639534 AtPME3, a ubiquitous cell wall pectin methylesterase of Arabidopsis thaliana, alters the metabolism of cruciferin seed storage proteins during post-germinative growth of seedlings.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx023

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002279 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0042545 cell wall modification 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53830

ath:AT3G14310

cit:102578056

sly:544016

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.318

排名 1 · LXL04_002279 · OH-1004

细胞膜0.204

排名 2 · LXL04_002279 · OH-1004

内质网0.169

排名 3 · LXL04_002279 · OH-1004

溶酶体／液泡0.138

排名 4 · LXL04_002279 · OH-1004

细胞质0.129

排名 5 · LXL04_002279 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04043.21PMEI69-223 aa

PF01095.26Pectinesterase274-568 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002279	`PF04043.21`	PMEI	69	223	2.5e-26	93.4
LXL04_002279	`PF01095.26`	Pectinesterase	274	568	5.2e-125	416.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42534`	拟南芥	Pectinesterase 2	41.373%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O49006`	拟南芥	Pectinesterase/pectinesterase inhibitor 3	40.036%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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