LXL04_002266 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002266

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 44877391-44878290 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

900 bp · LXL04_002266|LXL04_002266|OH1004|cDNA

ATGTGGGAGTGCCTATTAGTAAATTTGCATCTAGGAAATGAAATTACTTTTCCGTCGCTTTTGGAAATCGATCCCTGCATTCAATTTCTTCTTGAAGAAATCGATAACCCATCGCTCCAAAATCCATCCTTCCCAAAATCGATAACGTCATCGCTACAGATTCATCTTGCGAGATTGAGGGTTTTGATCGATTTCTCCCCCGAAAAACCTGCTACATTCATCGCTACAGATCTGGAGTTAGCAGGTCCGAATCTTCATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

900 bp · LXL04_002266|LXL04_002266|OH1004|CDS

ATGTGGGAGTGCCTATTAGTAAATTTGCATCTAGGAAATGAAATTACTTTTCCGTCGCTTTTGGAAATCGATCCCTGCATTCAATTTCTTCTTGAAGAAATCGATAACCCATCGCTCCAAAATCCATCCTTCCCAAAATCGATAACGTCATCGCTACAGATTCATCTTGCGAGATTGAGGGTTTTGATCGATTTCTCCCCCGAAAAACCTGCTACATTCATCGCTACAGATCTGGAGTTAGCAGGTCCGAATCTTCATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

299 aa · LXL04_002266|LXL04_002266|OH1004|PROTEIN

MWECLLVNLHLGNEITFPSLLEIDPCIQFLLEEIDNPSLQNPSFPKSITSSLQIHLARLRVLIDFSPEKPATFIATDLELAGPNLHSSLHSSCEIEDCEIEGFDRFLPQPSSASSLTKVCSCGRSESVVTSWIEEILTEIEGLAQTGILVSIDGQLTGILAISDPLKPGAREVISILKSMKIKSLLVTGDNWGTANSIAKEVGIEDVIAESKPEDKAEKVKSLQGSGFVVAMVGDGINDSPALVAADVGMAIGAGTDIAI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002266`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002266

位置 Chr01:44877391-44878290 (-)

描述 Similar to HMA5: Probable copper-transporting ATPase HMA5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g63440`	涉及铜输入到电池中。	The Arabidopsis heavy metal P-type ATPase HMA5 interacts with metallochaperones and functions in copper detoxification of roots.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02601.x
`At5g44790`	涉及铜输入到电池中。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0556000`	铜转运蛋白在促进铜从根到芽的转运中发挥重要作用。	A member of the heavy metal P-type ATPase OsHMA5 is involved in xylem loading of copper in rice.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.226225
`Os02g0196600`	铜转运蛋白，介导根液泡中的铜转运。	A heavy metal P-type ATPase OsHMA4 prevents copper accumulation in rice grain.2016 · DOI: 10.1038/ncomms12138
`Os06g0665800`	金属外排转运蛋白，可能在锌、铜、铅和镉等重金属的解毒中发挥作用，尤其是在芽中。	Rice P1B-type heavy-metal ATPase, OsHMA9, is a metal efflux protein.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.102236

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002266 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009636 response to toxic substance 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010273 detoxification of copper ion 生物过程

GO:0046688 response to copper ion 生物过程

GO:0055070 copper ion homeostasis 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0071280 cellular response to copper ion 生物过程

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63440

ath:AT5G44790

dosa:Os02g0196600

dosa:Os04g0556000

dosa:Os06g0665800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.423

排名 1 · LXL04_002266 · OH-1004

细胞核0.243

排名 2 · LXL04_002266 · OH-1004

质体0.151

排名 3 · LXL04_002266 · OH-1004

线粒体0.136

排名 4 · LXL04_002266 · OH-1004

过氧化物酶体0.084

排名 5 · LXL04_002266 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00702.33Hydrolase132-247 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002266	`PF00702.33`	Hydrolase	132	247	1.3e-21	78.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SH30`	拟南芥	Probable copper-transporting ATPase HMA5	79.286%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9S7J8`	拟南芥	Copper-transporting ATPase RAN1	56.738%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A3AWA4`	水稻	Copper-transporting ATPase HMA5	72.662%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6H7M3`	水稻	Copper-transporting ATPase HMA4	64.138%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A0A0P0X004`	水稻	Cation-transporting ATPase HMA5	60.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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