LXL04_002264 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002264

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 44857492-44858415 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

558 bp · LXL04_002264|LXL04_002264|OH1004|cDNA

ATGGGACTCCTCAGCATCATTCGGAAGATCAAAcggaaagaaaaagaaatgcgTATTCTTATGGTGGGACTTGACAATTCTGGGAAGACAACAATAGTGTTGAAAATCAATGGTGAAGATACCAGTGTTATCAGCCCTACTCTTGGCTTCAACATCAAAACCATGACCTATGATAAGTATACCCTAAACATATGGGATGTTGGAGGTCAAAAGACTATACGGTCTTACTGGAGAAACTACTTTGAGCAGACTGATGGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

558 bp · LXL04_002264|LXL04_002264|OH1004|CDS

ATGGGACTCCTCAGCATCATTCGGAAGATCAAACGGAAAGAAAAAGAAATGCGTATTCTTATGGTGGGACTTGACAATTCTGGGAAGACAACAATAGTGTTGAAAATCAATGGTGAAGATACCAGTGTTATCAGCCCTACTCTTGGCTTCAACATCAAAACCATGACCTATGATAAGTATACCCTAAACATATGGGATGTTGGAGGTCAAAAGACTATACGGTCTTACTGGAGAAACTACTTTGAGCAGACTGATGGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

185 aa · LXL04_002264|LXL04_002264|OH1004|PROTEIN

MGLLSIIRKIKRKEKEMRILMVGLDNSGKTTIVLKINGEDTSVISPTLGFNIKTMTYDKYTLNIWDVGGQKTIRSYWRNYFEQTDGLVWVVDSSDLRRLDDCKYELDNLLKEERLSGASLLVFANKQDIQGALSPNEIAKVLNLDAMDKTRHWRIVGCSAYTGEGLLEGFDWLVQDVASRIYVLD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002264`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002264

位置 Chr01:44857492-44858415 (+)

描述 Similar to ARL2: ADP-ribosylation factor-like protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g18390`	在微管生物发生的辅因子依赖性途径中发挥作用。	The TITAN5 gene of Arabidopsis encodes a protein related to the ADP ribosylation factor family of GTP binding proteins.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.8.1379

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002264 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0006110 regulation of glycolytic process 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0007021 tubulin complex assembly 生物过程

GO:0007098 centrosome cycle 生物过程

GO:0009558 embryo sac cellularization 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010811 positive regulation of cell-substrate adhesion 生物过程

GO:0015870 acetylcholine transport 生物过程

GO:0031113 regulation of microtubule polymerization 生物过程

GO:0031116 positive regulation of microtubule polymerization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18390

bta:511349

hsa:402

mmu:56327

rno:65142

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.391

排名 1 · LXL04_002264 · OH-1004

高尔基体0.341

排名 2 · LXL04_002264 · OH-1004

溶酶体／液泡0.189

排名 3 · LXL04_002264 · OH-1004

内质网0.154

排名 4 · LXL04_002264 · OH-1004

细胞膜0.149

排名 5 · LXL04_002264 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025.28Arf4-176 aa

PF09439.17SRPRB16-143 aa

PF08477.20Roc18-128 aa

PF00071.29Ras18-177 aa

PF04670.19Gtr1_RagA18-129 aa

PF01926.30MMR_HSR118-125 aa

PF00503.27G-alpha45-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002264	`PF00025.28`	Arf	4	176	1e-69	234.2
LXL04_002264	`PF09439.17`	SRPRB	16	143	1.1e-08	35.4
LXL04_002264	`PF08477.20`	Roc	18	128	1.2e-11	45.6
LXL04_002264	`PF00071.29`	Ras	18	177	1e-10	42.2
LXL04_002264	`PF04670.19`	Gtr1_RagA	18	129	2.7e-08	34.2
LXL04_002264	`PF01926.30`	MMR_HSR1	18	125	6.3e-06	27.0
LXL04_002264	`PF00503.27`	G-alpha	45	128	1.1e-11	45.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZPX1`	拟南芥	ADP-ribosylation factor-like protein 2	90.270%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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