LXL04_002185 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002185

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 43479992-43482769 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2346 bp · LXL04_002185|LXL04_002185|OH1004|cDNA

ATGGCGACTTCACTCTCATCTCCTCTTCTTCTCTTTTGTCTATTGTTCTTTTTTTCTTTCGTATCTGTGACCGTTTCCACTCCCACGCGATCCATCGATCAGACGAAGACTTATATCATCCACGCTTCAAAATCTGAGAAACCGACCACGTTCTCCACTCATCATCGGTGGTACTCCTCTATCGTCGGATCTGTTTCTTCGTCTCATCAACCGTCTGATATACTTTATACATACGAACGTTCTGTGAACGGATTCTCCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2346 bp · LXL04_002185|LXL04_002185|OH1004|CDS

ATGGCGACTTCACTCTCATCTCCTCTTCTTCTCTTTTGTCTATTGTTCTTTTTTTCTTTCGTATCTGTGACCGTTTCCACTCCCACGCGATCCATCGATCAGACGAAGACTTATATCATCCACGCTTCAAAATCTGAGAAACCGACCACGTTCTCCACTCATCATCGGTGGTACTCCTCTATCGTCGGATCTGTTTCTTCGTCTCATCAACCGTCTGATATACTTTATACATACGAACGTTCTGTGAACGGATTCTCCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

781 aa · LXL04_002185|LXL04_002185|OH1004|PROTEIN

MATSLSSPLLLFCLLFFFSFVSVTVSTPTRSIDQTKTYIIHASKSEKPTTFSTHHRWYSSIVGSVSSSHQPSDILYTYERSVNGFSVRLTRAQASQLRRLPGILSVIPDRRRTLHTTHTPNFLGLADTFGLWPNSEYGDDVIVGVLDTGIWPERESFSDEGLPPVPSTWKGSCETTSDFPSTACNRKIIGAKAFYRGYTASLGNRLNETGGSLSPRDTEGHGTHTASTAAGAVVKDAGFFEFAKGEARGMATKARIAVYK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002185`
TK1151 ID	TkA01G475750
OH-1004 ID	LXL04_002185
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.439 / OH-1004 97.055 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002185

位置 Chr01:43479992-43482769 (+)

描述 Similar to SBT1.4: Subtilisin-like protease SBT1.4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14067`	类枯草酶（Subtilisin-like）蛋白酶 SBT1.4。	暂无已核实直接文献
`At5g67360`	丝氨酸蛋白酶。	Ara12 subtilisin-like protease from Arabidopsis thaliana: purification, substrate specificity and tissue localization.2003 · DOI: 10.1042/bj20021125 A subtilisin-like serine protease essential for mucilage release from Arabidopsis seed coats.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03437.x
`At2g05920`	类枯草溶菌酶蛋白酶 SBT1.8。	暂无已核实直接文献
`At4g34980`	类枯草溶菌素蛋白酶SBT1.6。	暂无已核实直接文献
`At3g14240`	类胰蛋白酶样蛋白酶 SBT1.5。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002185 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0010223 secondary shoot formation 生物过程

GO:0048731 system development 生物过程

GO:0080001 mucilage extrusion from seed coat 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G05920

ath:AT3G14067

ath:AT3G14240

ath:AT4G34980

ath:AT5G67360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.520

排名 1 · LXL04_002185 · OH-1004

溶酶体／液泡0.172

排名 2 · LXL04_002185 · OH-1004

细胞膜0.087

排名 3 · LXL04_002185 · OH-1004

内质网0.081

排名 4 · LXL04_002185 · OH-1004

细胞质0.075

排名 5 · LXL04_002185 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05922.22Inhibitor_I937-115 aa

PF00082.28Peptidase_S8138-597 aa

PF02225.28PA379-464 aa

PF17766.8fn3_6665-758 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002185	`PF05922.22`	Inhibitor_I9	37	115	2.6e-18	67.2
LXL04_002185	`PF00082.28`	Peptidase_S8	138	597	8.8e-52	176.9
LXL04_002185	`PF02225.28`	PA	379	464	2.9e-12	47.2
LXL04_002185	`PF17766.8`	fn3_6	665	758	1.6e-25	89.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVJ1`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT1.4	64.173%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O65351`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT1.7	54.654%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZUF6`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT1.8	54.583%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O49607`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT1.6	48.956%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LUM3`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT1.5	50.926%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情