LXL04_001979 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001979

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 38309036-38315155 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3186 bp · LXL04_001979|LXL04_001979|OH1004|cDNA

ATGAAGATGTCTCAACTTAACTCTTCTATCTTCCTCTTGCTTCTAACCCTTTCATTTTCTGTTTCATTGGCTTCTTTATCTTCCATTCTTGATGTTCCACTAGCTTCTTCTCAAGATATCGTAGATTGCATACTATCCAAATCCGAAAATGTCACCTTCACCTCTCAACTCATTTTCACCCGTGCCAATGCTTCTTTCCTACCCATTTGGGAAGTCAGGATCATGGACACTAGGTTCCTTAAACCCTCCACTCCTAAACC...

CDS

下载 CDS FASTA

3186 bp · LXL04_001979|LXL04_001979|OH1004|CDS

ATGAAGATGTCTCAACTTAACTCTTCTATCTTCCTCTTGCTTCTAACCCTTTCATTTTCTGTTTCATTGGCTTCTTTATCTTCCATTCTTGATGTTCCACTAGCTTCTTCTCAAGATATCGTAGATTGCATACTATCCAAATCCGAAAATGTCACCTTCACCTCTCAACTCATTTTCACCCGTGCCAATGCTTCTTTCCTACCCATTTGGGAAGTCAGGATCATGGACACTAGGTTCCTTAAACCCTCCACTCCTAAACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1061 aa · LXL04_001979|LXL04_001979|OH1004|PROTEIN

MKMSQLNSSIFLLLLTLSFSVSLASLSSILDVPLASSQDIVDCILSKSENVTFTSQLIFTRANASFLPIWEVRIMDTRFLKPSTPKPSVIVTPVEETLVQTTLLCAKEHGYELRMRSGGHDFEGISYSANVPFVMIDFINMGAVDVDVESSTAWVQAGAALGAVYYAISQKTDTLYFPAGLCPTVNIGGYLGGAGYGNLLRKYGTGGDHVVDVHFIDVNGNILDRQSMGEDLFWAIRGGGVSSFGIGTIDTLLPLMDEKF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001979`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001979

位置 Chr01:38309036-38315155 (+)

描述 Similar to MEE23: Berberine bridge enzyme-like 15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g34790`	对胚乳发育和极核融合必需。	暂无已核实直接文献
`At1g30760`	催化肉桂醇的对位羟基化衍生物，即木质素单体对香豆醇、松柏醇和芥子醇的氧化，生成相应醛类。	暂无已核实直接文献
`At5g44400`	小檗碱桥酶样蛋白 26。	暂无已核实直接文献
`At5g44390`	小檗碱桥酶样蛋白 25。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001979 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0045551 cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity 分子功能

GO:0050268 coniferyl-alcohol dehydrogenase activity 分子功能

GO:0050328 tetrahydroberberine oxidase activity 分子功能

GO:0071949 FAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:ADY15026

ath:AT2G34790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.454

排名 1 · LXL04_001979 · OH-1004

溶酶体／液泡0.210

排名 2 · LXL04_001979 · OH-1004

细胞质0.125

排名 3 · LXL04_001979 · OH-1004

内质网0.109

排名 4 · LXL04_001979 · OH-1004

细胞膜0.065

排名 5 · LXL04_001979 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01565.29FAD_binding_487-223 aa

PF08031.18BBE408-463 aa

PF01565.29FAD_binding_4602-738 aa

PF08031.18BBE997-1052 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001979	`PF01565.29`	FAD_binding_4	87	223	3.8e-42	144.0
LXL04_001979	`PF08031.18`	BBE	408	463	1.6e-38	131.2
LXL04_001979	`PF01565.29`	FAD_binding_4	602	738	3.8e-42	144.0
LXL04_001979	`PF08031.18`	BBE	997	1052	1.6e-38	131.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64743`	拟南芥	Monolignol oxidoreductase AtBBE-like 15	43.173%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93ZA3`	拟南芥	Monolignol oxidoreductase AtBBE-like 13	44.664%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FKU8`	拟南芥	Berberine bridge enzyme-like 26	43.689%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FKU9`	拟南芥	Berberine bridge enzyme-like 25	42.144%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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