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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_001908
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 36625327-36626746 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

939 bp · LXL04_001908|LXL04_001908|OH1004|cDNA

ATGCTAGGAACCCCTCTCTCAACTCTATCCCTCTTTGTTCTGATTCATTGCTTAAACCCTCTCCAATTCTCTTATCGGATGAAGATACAGTGTAATGTGTGTGAATCGGCGGAGGCGACGATGCTTTGTTGCGCCGATGAGGCGGCGTTGTGTTGGAATTGCGACGACAAGATACATGCTGCTAACAAGCTCGCGAGTAAACATCAGAGAATTCCTCTTTCTAATTCCAATAAGCAGATGCCTAAGTGCGATATATGCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · LXL04_001908|LXL04_001908|OH1004|CDS

ATGCTAGGAACCCCTCTCTCAACTCTATCCCTCTTTGTTCTGATTCATTGCTTAAACCCTCTCCAATTCTCTTATCGGATGAAGATACAGTGTAATGTGTGTGAATCGGCGGAGGCGACGATGCTTTGTTGCGCCGATGAGGCGGCGTTGTGTTGGAATTGCGACGACAAGATACATGCTGCTAACAAGCTCGCGAGTAAACATCAGAGAATTCCTCTTTCTAATTCCAATAAGCAGATGCCTAAGTGCGATATATGCCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

312 aa · LXL04_001908|LXL04_001908|OH1004|PROTEIN

MLGTPLSTLSLFVLIHCLNPLQFSYRMKIQCNVCESAEATMLCCADEAALCWNCDDKIHAANKLASKHQRIPLSNSNKQMPKCDICQESDGYFFCLEDRALLCRKCDVAIHTVNSAVSSHQRFLLTGVKMGHETSDLVSSSSVKFPPYEKTPQTPESICLPTCVPMSTNTQYDKVLPGDFSSPKLSYGGGSTDSIQQWQFDDFFGLTDINQNYNYLDDSSKADSSKMGGWDCSLMLRALEVELDSDECLGQVPDSSRAVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_001908
TK1151 IDTkA01G499490
OH-1004 IDLXL04_001908
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 67.039 / OH-1004 38.462
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_001908
位置Chr01:36625327-36626746 (-)
描述Similar to BBX22: B-box zinc finger protein 22
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g78600 独立地并与 HY5 和 BBX21 协同作用，作为幼苗光形态建成的正调节剂和下胚轴伸长的光调节抑制。
LZF1, a HY5-regulated transcriptional factor, functions in Arabidopsis de-etiolation.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03401.x
The common function of a novel subfamily of B-Box zinc finger proteins with reference to circadian-associated events in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1271/bbb.80041
LZF1/SALT TOLERANCE HOMOLOG3, an Arabidopsis B-box protein involved in light-dependent development and gene expression, undergoes COP1-mediated ubiquitination.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.061747
COP1-mediated degradation of BBX22/LZF1 optimizes seedling development in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.175042
At1g06040 作为幼苗光形态建成的负调节剂和下胚轴伸长的光调节抑制。
Nuclear localization and interaction with COP1 are required for STO/BBX24 function during photomorphogenesis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.180208
Arabidopsis STO/BBX24 negatively regulates UV-B signaling by interacting with COP1 and repressing HY5 transcriptional activity.2012 · DOI: 10.1038/cr.2012.34
The Arabidopsis B-BOX protein BBX25 interacts with HY5, negatively regulating BBX22 expression to suppress seedling photomorphogenesis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.109751
At2g31380 作为幼苗光形态建成的负调节剂。
The Arabidopsis B-BOX protein BBX25 interacts with HY5, negatively regulating BBX22 expression to suppress seedling photomorphogenesis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.109751
At4g10240 可能的转录因子，可能参与幼苗光形态发生。 暂无已核实直接文献
At1g75540 转录激活剂，作为幼苗光形态建成的正调节剂。
SALT TOLERANCE HOMOLOG2, a B-box protein in Arabidopsis that activates transcription and positively regulates light-mediated development.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054791

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001908 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
GO:0009641 shade avoidance 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009718 anthocyanin-containing compound biosynthetic process 生物过程
GO:0010100 negative regulation of photomorphogenesis 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0090351 seedling development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G06040
ath:AT1G78600
ath:AT2G31380
ath:AT4G10240
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.906
排名 1 · LXL04_001908 · OH-1004
细胞质0.192
排名 2 · LXL04_001908 · OH-1004
细胞膜0.035
排名 3 · LXL04_001908 · OH-1004
内质网0.030
排名 4 · LXL04_001908 · OH-1004
溶酶体／液泡0.014
排名 5 · LXL04_001908 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00643.30zf-B_box29-73 aa
PF00643.30zf-B_box79-121 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_001908PF00643.30zf-B_box29735.6e-1246.3
LXL04_001908PF00643.30zf-B_box791215.6e-1246.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SYM2拟南芥B-box zinc finger protein 2251.803%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q96288拟南芥B-box zinc finger protein 2445.902%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SID1拟南芥B-box zinc finger protein 2560.000%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O82617拟南芥B-box zinc finger protein 2354.400%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LQZ7拟南芥B-box zinc finger protein 2139.024%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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