LXL04_001800 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001800

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 33654659-33656407 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1749 bp · LXL04_001800|LXL04_001800|OH1004|cDNA

ATGGCGACTGCTTCAACTTCTTCTAGCACCCTATGGTGCAACCCCAGAACCACCACATTCTCATCCTCTCCTAAACTCCCTTCTCATTTTCCAATTTCTTCCGGAAAGAAACTGAATAAAATCAGCTGTGCTCTTCAATCACCTTCCATTCTCCAATTCCCCAAACAATCTCCCTTCCAATTACCTTCTTCGACCCCGAATTCATGGAACTTGTTGCAGAAAATTTCAGCCGTGGCATTGGATGCAGTCGAAAACGGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1749 bp · LXL04_001800|LXL04_001800|OH1004|CDS

ATGGCGACTGCTTCAACTTCTTCTAGCACCCTATGGTGCAACCCCAGAACCACCACATTCTCATCCTCTCCTAAACTCCCTTCTCATTTTCCAATTTCTTCCGGAAAGAAACTGAATAAAATCAGCTGTGCTCTTCAATCACCTTCCATTCTCCAATTCCCCAAACAATCTCCCTTCCAATTACCTTCTTCGACCCCGAATTCATGGAACTTGTTGCAGAAAATTTCAGCCGTGGCATTGGATGCAGTCGAAAACGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

582 aa · LXL04_001800|LXL04_001800|OH1004|PROTEIN

MATASTSSSTLWCNPRTTTFSSSPKLPSHFPISSGKKLNKISCALQSPSILQFPKQSPFQLPSSTPNSWNLLQKISAVALDAVENGLLQREKKNPLPKTADPSIQIAGNFSPVPEQSVRHCLPVVGEIPEHIQGVYLRNGANPLFEPTSGHHLFDGDGMIYAVKFENGSVSYACRFTETQRLVQERALGKPVFPKAIGELHGHSGIAKLLLFYARGLCGLLDHSQGIGVANAGLVYFNNRLLAMSEDDLPYEVRVTPTGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001800`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001800

位置 Chr01:33654659-33656407 (-)

描述 Similar to NCED1: 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase NCED1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14440`	可能催化 9-cis-环氧类胡萝卜素在 11,12（11′,12′）位的裂解。	Regulation of drought tolerance by gene manipulation of 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase, a key enzyme in abscisic acid biosynthesis in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01096.x Uncoupling the effects of abscisic acid on plant growth and water relations. Analysis of sto1/nced3, an abscisic acid-deficient but salt stress-tolerant mutant in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.046169
`At1g30100`	具有 11,12(11',12') 9-cis 环氧类胡萝卜素裂解活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001800 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009835 fruit ripening 生物过程

GO:0009856 pollination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ag:AAF26356

ath:AT1G30100

ath:AT3G14440

sly:100316877

sly:544163

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.974

排名 1 · LXL04_001800 · OH-1004

线粒体0.038

排名 2 · LXL04_001800 · OH-1004

细胞质0.035

排名 3 · LXL04_001800 · OH-1004

过氧化物酶体0.026

排名 4 · LXL04_001800 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 5 · LXL04_001800 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03055.22RPE65112-574 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001800	`PF03055.22`	RPE65	112	574	6.3e-131	438.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LRR7`	拟南芥	9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase NCED3, chloroplastic	72.743%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C6Z1`	拟南芥	Probable 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase NCED5, chloroplastic	69.217%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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