LXL04_001776 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001776

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 33196628-33198613 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1986 bp · LXL04_001776|LXL04_001776|OH1004|cDNA

ATGACTATATCATCCATCTCAAAGGGCACTTATTCAGTCCTCTTCACCTATCTACTTTTCCTCTCACAACTCTCCAATGGCTTCTACCTTCCTGGAAGCTACATGCGTACATACTCAACAGGCCAGGAAATATTCGCCAAAGTCAACTCACTCACATCAATCGAAACAGAGCTTCCATTCAGTTACTACAGCTTACCATACTGTACACCCCCAGGAGGAGTCAAAAAAAGCGCTGAAAACCTTGGAGAACTACTCATGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1986 bp · LXL04_001776|LXL04_001776|OH1004|CDS

ATGACTATATCATCCATCTCAAAGGGCACTTATTCAGTCCTCTTCACCTATCTACTTTTCCTCTCACAACTCTCCAATGGCTTCTACCTTCCTGGAAGCTACATGCGTACATACTCAACAGGCCAGGAAATATTCGCCAAAGTCAACTCACTCACATCAATCGAAACAGAGCTTCCATTCAGTTACTACAGCTTACCATACTGTACACCCCCAGGAGGAGTCAAAAAAAGCGCTGAAAACCTTGGAGAACTACTCATGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

661 aa · LXL04_001776|LXL04_001776|OH1004|PROTEIN

MTISSISKGTYSVLFTYLLFLSQLSNGFYLPGSYMRTYSTGQEIFAKVNSLTSIETELPFSYYSLPYCTPPGGVKKSAENLGELLMGDQIDNSPYRFRMNINESVFLCTTRPLNEHEVKLLKQRTRDLYQVNMILDNLPAMRYANQNGVKIQWTGFPVGFTPPNSHDDDYIINHVKFRVFVHEYEGTGVQIIGTGEEGMGVISTNDDKKKASGYEIVGFEVFPCSVKYDPEKMAKLHQYDSVPSLNCPLEIEKSQIIREQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001776`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001776

位置 Chr01:33196628-33198613 (-)

描述 Similar to TMN12: Transmembrane 9 superfamily member 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12650`	跨膜蛋白9超级家族成员12。	暂无已核实直接文献
`At5g35160`	跨膜 9 超家族成员 11。	暂无已核实直接文献
`At3g13772`	可能发挥细胞铜稳态效应器的作用。	Transmembrane nine proteins in yeast and Arabidopsis affect cellular metal contents without changing vacuolar morphology.2010 · DOI: 10.1111/j.1399-3054.2010.01404.x
`At2g24170`	跨膜9超家族成员10。	暂无已核实直接文献
`At5g25100`	跨膜9超家族成员9。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001776 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006811 monoatomic ion transport 生物过程

GO:0006878 intracellular copper ion homeostasis 生物过程

GO:0006882 intracellular zinc ion homeostasis 生物过程

GO:0072657 protein localization to membrane 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24170

ath:AT3G13772

ath:AT4G12650

ath:AT5G25100

ath:AT5G35160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.387

排名 1 · LXL04_001776 · OH-1004

内质网0.321

排名 2 · LXL04_001776 · OH-1004

溶酶体／液泡0.203

排名 3 · LXL04_001776 · OH-1004

细胞质0.144

排名 4 · LXL04_001776 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 5 · LXL04_001776 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02990.22EMP7059-614 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001776	`PF02990.22`	EMP70	59	614	4.5e-177	590.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JRE0`	拟南芥	Transmembrane 9 superfamily member 12	82.389%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FYQ8`	拟南芥	Transmembrane 9 superfamily member 11	64.516%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LIC2`	拟南芥	Transmembrane 9 superfamily member 7	42.438%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RWW1`	拟南芥	Transmembrane 9 superfamily member 10	43.199%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C5N2`	拟南芥	Transmembrane 9 superfamily member 9	42.192%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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