LXL04_001765 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001765

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 32970340-32975590 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2325 bp · LXL04_001765|LXL04_001765|OH1004|cDNA

ATGAGATCAATTAGTGCTTCTCCTCTTTACCTTCccttcttcctttttcttcttttttcaTCACTGTTCAATAGACCCACTTTTGCTACTAAAAGGTCGTATGTTGTGTACCTTGGAGCTCATTCACATAGTTCTCATCTTTTTCCCGATGATTTAAATCGTGTAAGGGACTCTCACTATGAGTTTCTTGGCTCCTGTTTGGGAAGTATAGAAAAGGCGAAAGATGCAATATTTTACTCATACACAAGGCATATTAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2325 bp · LXL04_001765|LXL04_001765|OH1004|CDS

ATGAGATCAATTAGTGCTTCTCCTCTTTACCTTCCCTTCTTCCTTTTTCTTCTTTTTTCATCACTGTTCAATAGACCCACTTTTGCTACTAAAAGGTCGTATGTTGTGTACCTTGGAGCTCATTCACATAGTTCTCATCTTTTTCCCGATGATTTAAATCGTGTAAGGGACTCTCACTATGAGTTTCTTGGCTCCTGTTTGGGAAGTATAGAAAAGGCGAAAGATGCAATATTTTACTCATACACAAGGCATATTAATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

774 aa · LXL04_001765|LXL04_001765|OH1004|PROTEIN

MRSISASPLYLPFFLFLLFSSLFNRPTFATKRSYVVYLGAHSHSSHLFPDDLNRVRDSHYEFLGSCLGSIEKAKDAIFYSYTRHINGFAAILEDDEAIQIAKHPTVVSVFLNKGRKLHTTRSWDFMGLENNGLISSSSIWKKARFGENTIIGNLDTGVWPESKSFTDEGMGPIPSKWKGVCQNGADATFKCNRKLIGARYFNKGYHSVVGPLNSTFNSPRDNEGHGSHTLSTAAGNFVSDASVFGYGNGTAKGGSPNSRV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001765`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001765

位置 Chr01:32970340-32975590 (+)

描述 Similar to AIR3: Subtilisin-like protease SBT5.3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g04160`	丝氨酸蛋白酶。	暂无已核实直接文献
`At5g59810`	丝氨酸蛋白酶。	Overexpression of an Arabidopsis gene encoding a subtilase (AtSBT5.4) produces a clavata-like phenotype.2009 · DOI: 10.1007/s00425-009-0976-5
`At5g67360`	丝氨酸蛋白酶。	Ara12 subtilisin-like protease from Arabidopsis thaliana: purification, substrate specificity and tissue localization.2003 · DOI: 10.1042/bj20021125 A subtilisin-like serine protease essential for mucilage release from Arabidopsis seed coats.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03437.x
`At4g34980`	类枯草溶菌素蛋白酶SBT1.6。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001765 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0010074 maintenance of meristem identity 生物过程

GO:0010102 lateral root morphogenesis 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0080001 mucilage extrusion from seed coat 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G04160

ath:AT4G34980

ath:AT5G59810

ath:AT5G67360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.645

排名 1 · LXL04_001765 · OH-1004

溶酶体／液泡0.122

排名 2 · LXL04_001765 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 3 · LXL04_001765 · OH-1004

细胞质0.065

排名 4 · LXL04_001765 · OH-1004

内质网0.055

排名 5 · LXL04_001765 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05922.22Inhibitor_I933-118 aa

PF00082.28Peptidase_S8146-622 aa

PF02225.28PA403-477 aa

PF17766.8fn3_6676-771 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001765	`PF05922.22`	Inhibitor_I9	33	118	9.1e-15	55.8
LXL04_001765	`PF00082.28`	Peptidase_S8	146	622	1.4e-40	140.2
LXL04_001765	`PF02225.28`	PA	403	477	6.5e-14	52.5
LXL04_001765	`PF17766.8`	fn3_6	676	771	1.1e-30	106.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZSP5`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT5.3	66.667%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JXC5`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT5.4	64.276%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O65351`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT1.7	46.615%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O49607`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT1.6	45.368%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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