LXL04_001725 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001725

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 32052920-32056487 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2055 bp · LXL04_001725|LXL04_001725|OH1004|cDNA

ATGCCGCTTCCGCGGAATATTTCTTCTGACTCGACCCAACATTCAATCTGCCACTTTATTTCTTCCAAATTGTTTGATCGTCGCCGGCCGATTGTGATTACGCCGTTAGATATATATCGCGAAGGTAAGGGTATATGTTCTGTTGATAGTTGCGAATCGATGTCTGGACCACTCGATCGATTTGCAAGGCCTTGCTTTGAGGGGTCATCAGGCAATGATGAAAGGTCAGAGAGAAGAGAAAGAAAGTCTGATTTTGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2055 bp · LXL04_001725|LXL04_001725|OH1004|CDS

ATGCCGCTTCCGCGGAATATTTCTTCTGACTCGACCCAACATTCAATCTGCCACTTTATTTCTTCCAAATTGTTTGATCGTCGCCGGCCGATTGTGATTACGCCGTTAGATATATATCGCGAAGGTAAGGGTATATGTTCTGTTGATAGTTGCGAATCGATGTCTGGACCACTCGATCGATTTGCAAGGCCTTGCTTTGAGGGGTCATCAGGCAATGATGAAAGGTCAGAGAGAAGAGAAAGAAAGTCTGATTTTGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

684 aa · LXL04_001725|LXL04_001725|OH1004|PROTEIN

MPLPRNISSDSTQHSICHFISSKLFDRRRPIVITPLDIYREGKGICSVDSCESMSGPLDRFARPCFEGSSGNDERSERRERKSDFENSEDERRTRIGSLKKKALNASTKFKHSLKKKSSRRKGDGRVSSVSIEDIRDAEELRSVDAFRQSLLLDELLPEKLDDYHMMLRFLKARKFDIEKTKQMWADMIHWRKDFGVDTIIEDFEFQELSEVLKYYPHGNHGVDKDGRPVYIERLGKVDPNKLMQVTTMDRYIKYHVREF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001725`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001725

位置 Chr01:32052920-32056487 (-)

描述 Similar to SFH8: Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g21520`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At4g39170`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At1g19650`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At1g75370`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At2g21540`	对高尔基复合体分泌蛋白的运输是必需的（通过相似性推测）。	Identification of two phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein genes that are predominately transcribed in the flowers of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.jplph.2006.03.014

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001725 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006892 post-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0008526 phosphatidylinositol transfer activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19650

ath:AT1G75370

ath:AT2G21520

ath:AT2G21540

ath:AT4G39170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.372

排名 1 · LXL04_001725 · OH-1004

细胞质0.206

排名 2 · LXL04_001725 · OH-1004

质体0.181

排名 3 · LXL04_001725 · OH-1004

细胞核0.157

排名 4 · LXL04_001725 · OH-1004

内质网0.110

排名 5 · LXL04_001725 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03765.22CRAL_TRIO_N163-187 aa

PF00650.26CRAL_TRIO215-376 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001725	`PF03765.22`	CRAL_TRIO_N	163	187	8.6e-06	26.6
LXL04_001725	`PF00650.26`	CRAL_TRIO	215	376	5.7e-30	104.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IHJ0`	拟南芥	Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH8	70.317%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JVA6`	拟南芥	Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH6	70.095%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4HP88`	拟南芥	Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH4	58.861%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GXC6`	拟南芥	Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH5	59.748%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93ZE9`	拟南芥	Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH3	52.277%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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