LXL04_001286 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001286

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 23434873-23438074 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2370 bp · LXL04_001286|LXL04_001286|OH1004|cDNA

ATGGCGTGTTCATCTTCCATCATAGGCGTATCCATATACCACAAAAACCCATCACTAGAGCAACTCTCCAGAAAAATTGCCGCCCCTGCCGCCCCCGTGCACCTTCCCCGTTCCACCGATAAAACTCACTTCACTTCCTTGAAAGTTACCTCCAAACTCAAACCTAACAGCACAGGTGTTTCTGGTGGTTCTGCTTTTGTTGCGTCGGCTACTGCCGCCCCCAATTCTGTTTTGAGTGAGAACGCGTTTAAGGGTTTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2370 bp · LXL04_001286|LXL04_001286|OH1004|CDS

ATGGCGTGTTCATCTTCCATCATAGGCGTATCCATATACCACAAAAACCCATCACTAGAGCAACTCTCCAGAAAAATTGCCGCCCCTGCCGCCCCCGTGCACCTTCCCCGTTCCACCGATAAAACTCACTTCACTTCCTTGAAAGTTACCTCCAAACTCAAACCTAACAGCACAGGTGTTTCTGGTGGTTCTGCTTTTGTTGCGTCGGCTACTGCCGCCCCCAATTCTGTTTTGAGTGAGAACGCGTTTAAGGGTTTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

789 aa · LXL04_001286|LXL04_001286|OH1004|PROTEIN

MACSSSIIGVSIYHKNPSLEQLSRKIAAPAAPVHLPRSTDKTHFTSLKVTSKLKPNSTGVSGGSAFVASATAAPNSVLSENAFKGFGVFDEDSSLDDSDREYTDNSENEASIDIAAGNAGDDDELSITKLGLPQRLVQSLEKREITRLFPIQRAVLVPALEGRDIIARAKTGTGKTLAFGIPIIKRLTEDDEERISPRRGQKLPRVLVLAPTRELAKQVESEIKDSAPYLSTVCVYGGVSYNSQQNALSRGVDVVVGTPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001286`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001286

位置 Chr01:23434873-23438074 (+)

描述 Similar to RH3A: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 3A, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g26742`	核基因编码的因子，参与叶绿体中核糖体的生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0827700`	核基因编码的因子，参与叶绿体中核糖体的生物合成。	暂无已核实直接文献
`Os07g0143700`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶 53。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001286 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:2000637 positive regulation of miRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G26742

dosa:Os03g0827700

dosa:Os07g0143700

zma:100191761

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.962

排名 1 · LXL04_001286 · OH-1004

线粒体0.041

排名 2 · LXL04_001286 · OH-1004

细胞核0.029

排名 3 · LXL04_001286 · OH-1004

细胞质0.020

排名 4 · LXL04_001286 · OH-1004

过氧化物酶体0.011

排名 5 · LXL04_001286 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD150-322 aa

PF04851.22ResIII163-316 aa

PF00271.38Helicase_C360-468 aa

PF26142.1DD_DDX21-DDX50504-552 aa

PF08152.19GUCT555-655 aa

PF00098.29zf-CCHC769-785 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001286	`PF00270.36`	DEAD	150	322	4.7e-47	160.5
LXL04_001286	`PF04851.22`	ResIII	163	316	8.9e-09	36.2
LXL04_001286	`PF00271.38`	Helicase_C	360	468	1.1e-33	116.5
LXL04_001286	`PF26142.1`	DD_DDX21-DDX50	504	552	4.5e-16	59.4
LXL04_001286	`PF08152.19`	GUCT	555	655	4e-16	59.7
LXL04_001286	`PF00098.29`	zf-CCHC	769	785	6e-07	30.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7S8`	拟南芥	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 3, chloroplastic	71.151%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0DM51`	水稻	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 3, chloroplastic	76.047%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0D8N0`	水稻	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 53	61.461%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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