LXL04_001280 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001280

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 23397898-23400356 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2010 bp · LXL04_001280|LXL04_001280|OH1004|cDNA

ATGGATTCGTGTTTAATTCTCTCTCTCCTCACAGAGGACCTCCTAGCACGAGTTCTTGATTATCTCTTCGATGATTCCGACCGCAAATCGTTCCGTGCAACCTGCAAGTTTTTCCACCGTGTTGAATCTGGTCACCGGACTTGTCTGAAGTTCTTACGACCGGAGTTCATTCCAGGTCTCCTCAGAACTTACACCCGCGCGGACACGCTTGACTTCTCCGTCTGCCCACGGATCTACGATTGGACACTCTCTGTTTTGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2010 bp · LXL04_001280|LXL04_001280|OH1004|CDS

ATGGATTCGTGTTTAATTCTCTCTCTCCTCACAGAGGACCTCCTAGCACGAGTTCTTGATTATCTCTTCGATGATTCCGACCGCAAATCGTTCCGTGCAACCTGCAAGTTTTTCCACCGTGTTGAATCTGGTCACCGGACTTGTCTGAAGTTCTTACGACCGGAGTTCATTCCAGGTCTCCTCAGAACTTACACCCGCGCGGACACGCTTGACTTCTCCGTCTGCCCACGGATCTACGATTGGACACTCTCTGTTTTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

669 aa · LXL04_001280|LXL04_001280|OH1004|PROTEIN

MDSCLILSLLTEDLLARVLDYLFDDSDRKSFRATCKFFHRVESGHRTCLKFLRPEFIPGLLRTYTRADTLDFSVCPRIYDWTLSVLLNNVSCHGWARRLKRVVLCRTTSLRFSGIEMLVRSCPGLQVVDVSHCSQFGDREAGALSCATELREVKMDKCLRVTDVGLAKIAIGCEKLEKISLKWCLEITDLGIDLLSKKCPQLKHLCVSYLKISNESLRSLSWLKKLQALVMVGCNFLGDGGLHFLGNGCPSLQTLDVSRC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001280`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001280

位置 Chr01:23397898-23400356 (-)

描述 Similar to FBL3: F-box/LRR-repeat protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01720`	F盒/LRR重复蛋白3。	暂无已核实直接文献
`At4g15475`	F-box/LRR重复蛋白4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001280 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G15475

ath:AT5G01720

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.616

排名 1 · LXL04_001280 · OH-1004

细胞质0.186

排名 2 · LXL04_001280 · OH-1004

线粒体0.085

排名 3 · LXL04_001280 · OH-1004

质体0.048

排名 4 · LXL04_001280 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 5 · LXL04_001280 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25372.2LRR_FBXL1586-197 aa

PF29594.1LRR_SKP2196-265 aa

PF25372.2LRR_FBXL15296-445 aa

PF29594.1LRR_SKP2301-415 aa

PF25372.2LRR_FBXL15449-586 aa

PF29594.1LRR_SKP2450-522 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001280	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	86	197	6.1e-34	118.0
LXL04_001280	`PF29594.1`	LRR_SKP2	196	265	6.1e-23	82.1
LXL04_001280	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	296	445	6.1e-34	118.0
LXL04_001280	`PF29594.1`	LRR_SKP2	301	415	6.1e-23	82.1
LXL04_001280	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	449	586	6.1e-34	118.0
LXL04_001280	`PF29594.1`	LRR_SKP2	450	522	6.1e-23	82.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWU5`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 3	36.157%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C5D2`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 4	26.523%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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